核心结论：关于商店被另一商店加盟后，原商店员工的合同是否继续有效的问题，这主要取决于原合同的条款、加盟协议的内容以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度进行的分析：
原合同条款的考量：
- 合同自主性：原合同是双方自愿达成的协议，其条款对双方具有法律约束力。如果原合同中明确规定了合同期限、工作内容、工作地点、劳动报酬等关键条款，并且没有提及加盟或类似情况对合同效力的影响，那么原合同在加盟后通常仍然有效。
- 合同变更与解除：若原合同中有关于合同变更或解除的条款，且加盟行为符合这些条款的规定，那么合同的效力可能会受到影响。例如，如果原合同规定在特定情况下（如商店所有权变更）合同可以解除，那么加盟行为可能触发这一条款。
加盟协议的内容：
- 员工安排：加盟协议中可能会涉及原商店员工的安排问题。如果加盟协议明确规定了原商店员工将继续在加盟店工作，并且保留了原合同的条款和条件，那么原合同在加盟后仍然有效。
- 新合同签订：另一方面，如果加盟协议要求原商店员工与加盟店签订新的劳动合同，或者对原合同的条款进行了实质性修改，那么原合同可能会被视为已经解除或变更，新的合同将取代原合同。
相关法律法规的规定：
- 劳动法保护：根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在加盟情况下，如果原商店的员工继续在加盟店工作，且劳动关系未发生实质性变化（如工作性质、工作地点、劳动报酬等未发生显著变化），那么原劳动合同通常仍然有效。
- 加盟与劳动关系：加盟行为本身并不直接导致原劳动合同的解除或变更。除非加盟协议或相关法律法规有特别规定，否则原劳动合同在加盟后仍然对双方具有法律约束力。
法律建议：
- 审查合同条款：建议原商店和加盟店仔细审查原合同和加盟协议的条款，特别是关于合同效力、变更和解除的部分，以明确双方的权利和义务。
- 协商与沟通：如果双方对原合同的效力存在争议，建议通过协商和沟通来解决。双方可以就原合同的条款进行协商，看是否需要签订补充协议或进行其他安排。
- 寻求法律帮助：如果协商无果，或者双方对法律条款的理解存在分歧，建议寻求专业的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助双方解决争议。
可能法律后果：
- 如果原合同在加盟后仍然有效，但加盟店未按照原合同的条款履行义务（如未按时支付劳动报酬），原商店的员工有权要求加盟店承担违约责任。
- 如果原合同在加盟后被视为已经解除或变更，但双方未就新的劳动合同达成一致，可能会导致劳动关系的不稳定，甚至引发劳动争议。
综上所述，商店被另一商店加盟后，原商店员工的合同是否继续有效取决于多种因素。建议双方仔细审查合同条款、加强协商与沟通，并在必要时寻求专业的法律帮助。