结论：乡镇卫生院因药占比高对医生进行罚款是否合法，需分情况讨论，主要取决于罚款依据和程序是否符合法律规定。

1. 若罚款依据为内部规章制度，需审查其合法性
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如罚款、扣薪等），需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示告知劳动者。若乡镇卫生院未履行上述程序，或规章制度内容违反法律强制性规定（如直接规定“药占比超标罚款”），则该罚款行为可能因程序违法或内容违法而被认定为无效。

2. 若罚款依据为地方性法规或部门规章，需审查其适用性
   部分地区可能通过地方性法规或卫生行政部门规章对医疗机构药占比进行管控，并授权医疗机构对违规医生进行内部处罚。但需注意：

   • 处罚主体合法性：罚款属于行政处罚范畴，根据《行政处罚法》，仅行政机关或法律授权的组织可实施。乡镇卫生院作为事业单位，若无明确法律授权，无权直接对医生进行罚款。
     
   • 处罚程序合法性：即使有地方性法规授权，处罚也需遵循法定程序（如告知、听证、复议等），否则可能因程序违法被撤销。

3. 若罚款实质为“扣减绩效”，需区分性质
   实践中，医疗机构常通过“绩效扣减”间接约束医生行为。若扣减的绩效属于医生劳动报酬的一部分（如奖金、津贴），则需符合《工资支付暂行规定》第十六条：用人单位可因劳动者过错扣减工资，但每月扣减比例不得超过20%，且扣减后不得低于当地最低工资标准。若扣减超出上述范围，可能构成违法克扣工资。

建议行动方向：

• 医生角度：

  1. 要求卫生院出具罚款的书面依据（如规章制度、地方性法规条款）；
     
  2. 核对依据是否履行民主程序、是否公示；
     
  3. 若认为罚款违法，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     

• 卫生院角度：

  1. 审查内部规章制度合法性，避免直接规定“罚款”；
     
  2. 优先通过绩效调整、培训等非处罚性方式管理药占比；
     
  3. 若需处罚，确保依据合法、程序合规，并保留书面记录。
     

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用问题。