博士入职医院再离职是否需要赔违约金，主要取决于离职的具体原因、相关合同的约定以及法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、医院存在过错导致员工离职的情况

1. 未依法签订劳动合同：

   • 如果医院自用工之日起超过一个月不满一年未与博士签订书面劳动合同，博士有权要求医院每月支付二倍的工资，计算时长从用工之日起满一个月的次日至补订劳动合同的前一日。若满一年仍未签订，视为已订立无固定期限劳动合同，并需支付双倍工资至满一年的前一日。不过，这种情况通常不涉及违约金，而是工资的补发。

2. 未依法缴纳社会保险：

   • 医院未按法律规定为博士缴纳社保，博士以此为由解除劳动合同的，医院需按博士工作年限支付经济补偿，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年按一年计，不满六个月支付半个月工资。这同样不涉及违约金，而是经济补偿。

3. 拖欠或克扣工资：

   • 医院无故拖欠或克扣博士工资，博士解除劳动合同后，医院除需足额支付工资外，还需按上述社保未缴标准支付经济补偿，并可能面临劳动行政部门责令加付的赔偿金。这也不涉及违约金。

4. 医院规章制度违法损害员工权益：

   • 如果医院的规章制度违反法律法规，损害博士的权益，博士因此离职的，医院同样需支付经济补偿，而非违约金。

二、员工自身原因离职的情况

1. 协商一致离职：

   • 如果博士主动提出离职但与医院协商一致，且协议中约定医院给予补偿的，医院应按约支付。但这种情况下的补偿并非违约金，而是双方协商的结果。

2. 违反服务期约定：

   • 若医院为博士提供了专项培训费用，并签订了服务期协议，博士在服务期内离职，则可能需要支付违约金。违约金的数额不得超过医院提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的费用。这是博士可能需要支付违约金的一种情况。

3. 违反竞业限制约定：

   • 如果博士与医院签订了保密或竞业限制协议，并在离职后违反了协议中的约定，那么博士也可能需要支付违约金。但这种情况通常与博士的离职行为本身不直接相关，而是与离职后的行为有关。

三、赔偿金与违约金的区别及计算

• 赔偿金：通常是由于医院存在过错（如未依法签订劳动合同、未缴纳社保、拖欠工资等）导致博士离职时，医院需要支付的费用。赔偿金的计算通常依据博士在医院的工作年限，每满一年支付一个月工资，以此类推。

• 违约金：则通常是由于博士违反了与医院签订的特定协议（如服务期协议、竞业限制协议等）而需要支付的费用。违约金的数额通常根据协议中的约定来确定，但不得超过法定限额。

四、建议

• 博士在离职前应仔细审查劳动合同及相关协议，了解自身权利与义务，特别是关于服务期和竞业限制的条款。
• 面对离职及违约金问题，双方应基于法律法规与合同条款进行协商，确保合法合规。如果医院要求支付违约金，博士应核实该要求是否符合合同约定和法律规定。
• 如无法协商一致，博士应及时寻求法律援助，比如直接向我咨询，以维护自身合法权益。在处理此类纠纷时，保留好相关证据（如劳动合同、培训协议、工资条等）至关重要。

综上所述，博士入职医院再离职是否需要赔违约金，取决于多种因素。博士在离职前应充分了解自身权益和义务，并在必要时寻求法律帮助。