结论：罪行轻微不予起诉的，在大多数情况下不会留下案底，但相关记录在公安机关的办案系统中仍可能存在并可被查询。以下是对此问题的详细分析：
一、案底的定义与影响
案底，通常指的是犯罪记录，即个人过去违法犯罪行为的正式记录，一般存放在公安部门或司法机关的档案中。它是对个人犯罪行为的客观记载，会对个人的就业、升学、信贷等多个方面产生深远影响。因此，了解罪行轻微不予起诉是否会留下案底，对于个人而言具有重要意义。
二、不予起诉的法律性质
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在审查案件后，认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任时，可以作出不起诉决定。这包括犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的情况。不起诉决定意味着案件在法律程序上已经终结，犯罪嫌疑人不会被提起公诉，也不会接受法院的审判。
三、不予起诉与案底的关系
一般情况：
- 在罪行轻微且检察院决定不起诉的情况下，由于未经过法院审判和刑事判决，因此从法律意义上讲，不应留下案底。这是因为案底主要记录的是经过法院审判并确认有罪的犯罪行为，而不起诉意味着没有经过法院的有罪判决。
特殊情况：
- 虽然通常情况下不会留下案底，但相关的司法机关可能会保留一些记录。例如，公安机关可能会保留案件的侦查过程和相关材料，检察机关也会有不起诉决定书等文件存档。这些记录在某些特定情况下，如后续涉及其他案件需要调查相关背景时，可能会被查阅和参考。然而，这些记录与经过法院审判并确认有罪的案底在性质上是有区别的，它们并不构成法律意义上的“案底”。
四、不同类型不起诉对案底的影响
酌定不起诉：
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出酌定不起诉决定。这种情况下，由于犯罪嫌疑人没有被法院判定有罪，因此从法律意义上来说，不算有犯罪记录，即不会留下案底。
存疑不起诉：
- 存疑不起诉是指人民检察院对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。这意味着现有证据不能充分证明犯罪嫌疑人有罪，因此既然不能认定有罪，也就不存在案底的问题。
相对不起诉：
- 相对不起诉的本质与酌定不起诉类似，同样强调犯罪情节轻微以及存在相关从轻情节等。在这种情况下，检察院决定不起诉，同样没有经过法院定罪，因此也不会留下案底。
附条件不起诉（特别针对未成年人）：
- 对于未成年人涉嫌特定类型的犯罪，且可能判处一年有期徒刑以下刑罚，符合起诉条件但有悔罪表现的，人民检察院可以作出附条件不起诉的决定。在考验期内，如果犯罪嫌疑人遵守规定，考验期满时，人民检察院应当作出不起诉的决定。在这种最终不起诉的情况下，未成年人不会留下案底。然而，如果在考验期内违反规定，检察院可能会撤销附条件不起诉决定并提起公诉，一旦被法院判定有罪，就会留下案底。
五、实际操作中的建议
- 了解法律程序：对于被作出不起诉决定的当事人而言，了解法律程序和相关规定至关重要。这有助于消除个人因担心留下案底而产生的顾虑，也有助于个人在面临类似情况时能够做出正确的应对和决策。
- 保留相关证据：虽然不起诉决定通常不会留下案底，但为了防止未来可能出现的纠纷或误解，建议当事人保留好不起诉决定书等相关证据。
- 咨询专业律师：如果对此仍有疑虑或担忧，或者面临具体的法律问题，建议直接向我咨询。作为专业律师，我可以根据具体情况提供准确的法律意见和帮助。
综上所述，罪行轻微不予起诉的，在大多数情况下不会留下案底。但具体情况还需根据案件的实际处理过程和当地司法机关的具体操作来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。