违反《基本医疗卫生与健康促进法》第三十八条第二款的处罚需结合具体违法情形确定，主要处罚类型包括责令改正、没收违法所得、罚款，情节严重的可能吊销执业许可证或承担刑事责任。以下是具体分析：

1. 法律条款核心内容
   第三十八条第二款规定：“医疗机构不得对外出租、承包医疗科室。”该条款旨在禁止医疗机构将内部科室以任何形式交由非本机构人员或其他机构独立运营，以保障医疗质量与患者安全。

2. 处罚依据及类型
   根据《基本医疗卫生与健康促进法》第一百条，违反该条款的处罚包括：

   • 责令改正：卫生健康主管部门首先会要求医疗机构立即停止违法行为，恢复科室正常管理。
     
   • 没收违法所得：若医疗机构通过出租、承包科室获得收入（如管理费、分成等），需全额上缴国库。
     
   • 罚款：根据违法情节，可处违法所得二倍以上十倍以下的罚款；若违法所得不足一万元，按一万元计算（即罚款最低二万元，最高十万元）。
     
   • 情节严重处罚：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分；若行为导致严重后果（如医疗事故、群体性健康损害），可能吊销医疗机构执业许可证，甚至追究刑事责任（如涉嫌非法经营罪、重大责任事故罪等）。

3. 实务中的关键考量因素

   • 违法情节轻重：包括出租/承包科室的数量、持续时间、涉及金额、是否造成患者损害等。例如，短期出租单个科室且未获利，可能仅受行政处罚；长期多科室承包且引发医疗纠纷，则可能面临吊销许可证或刑事追责。
     
   • 主观过错程度：医疗机构是否明知故犯、是否采取掩盖行为（如伪造合作协议）等，会影响处罚力度。
     
   • 整改态度：若医疗机构在调查中积极配合、主动整改，可能从轻或减轻处罚；反之可能从重处罚。

4. 典型案例参考
   某医院将皮肤科承包给某公司，由公司自行招聘医生、收取费用，医院仅收取管理费。卫生健康部门查处后，没收医院违法所得50万元，并处罚款200万元（按违法所得四倍计算），同时对院长给予警告处分。

建议：若您涉及此类纠纷，需尽快梳理违法事实（如合同、财务记录等），评估法律风险，并制定整改方案。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对策略。