违反《药品经营和使用质量监督管理办法》第五十八条的处罚，需根据具体违法情形及造成的后果，结合《药品管理法》等相关法律法规综合判定，常见处罚类型包括警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿直至吊销许可证等。以下是具体分析：

一、第五十八条的核心内容

该条款主要规范药品经营企业、使用单位（如医疗机构）的药品质量管理体系运行，要求其建立并执行覆盖药品采购、储存、养护、销售、使用全环节的质量管理制度，确保药品来源合法、储存条件合规、流向可追溯。常见违法行为包括：

1. 未建立质量管理制度（如未制定药品采购验收规程）；
2. 制度执行流于形式（如未按规定温度储存药品）；
3. 记录造假或缺失（如伪造药品养护记录）；
4. 未履行追溯义务（如无法提供药品购进发票）。

二、处罚依据及类型

根据《药品管理法》第一百二十六条（对应《办法》的衔接条款），处罚需结合违法情节轻重：

1. 一般情形（未造成危害后果）：

   • 责令限期改正，给予警告；
     
   • 逾期不改正的，处十万元以上五十万元以下罚款。
     （例：某药店未按规定温度储存药品，监管部门首次检查发现后责令整改，药店未在期限内调整温湿度设备，最终被罚款15万元）

2. 情节严重情形（如导致药品质量风险、多次违法）：

   • 处五十万元以上二百万元以下罚款；
     
   • 责令停业整顿直至吊销药品经营许可证；
     
   • 对法定代表人、主要负责人等直接责任人员处二万元以上二十万元以下罚款，十年内禁止从事药品生产经营活动。
     （例：某医疗机构使用过期药品，且无法提供采购记录，被认定为“情节严重”，最终被吊销《医疗机构制剂许可证》，院长被罚款10万元并禁业5年）

3. 特殊情形（涉及假劣药）：
   若违法行为同时违反《药品管理法》第九十八条（生产销售假劣药），将按“重罚吸收轻罚”原则，直接适用假劣药的处罚标准（如货值金额十五倍以上三十倍以下罚款）。

三、实务中的关键点

1. “情节严重”的认定：
   监管部门会综合考量违法次数、药品风险等级（如特殊管理药品）、是否引发不良事件等因素。例如，某药店三年内因未建立温湿度记录被处罚两次，第三次再犯即可能被认定为“情节严重”。

2. 企业合规建议：

   • 定期自查质量管理制度执行情况，留存书面记录；
     
   • 对员工进行法规培训，确保操作符合规范；
     
   • 引入信息化系统（如ERP）实现药品全流程可追溯。

3. 救济途径：
   若对处罚不服，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院起诉。

提示：药品监管领域处罚力度较大，建议企业严格对照《药品经营质量管理规范》（GSP）自查整改。如有具体案件需分析，可直接向我咨询，我会结合细节进一步解答。