关于国道收费站是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要结合具体情况和相关法规来综合判断。

首先，从合法性角度来看，国道收费站的存在本身并不违法。在我国，为了建设和维护公路基础设施，政府或相关企业可能会依法设立收费站，对过往车辆收取通行费。这些收费站通常需要经过相关部门的审批和许可，并遵循一定的收费标准和管理规定。

然而，在具体操作中，国道收费站可能会存在一些合规性问题，比如您提到的收费方式问题。以莲花滩收费站为例，虽然该收费站是正规的，但只收现金或扫描工作人员个人微信收款码的方式确实存在合规性争议。根据《中华人民共和国收费公路管理条例》的相关规定，收费公路应当推行不停车收费，逐步减少人工收费方式，提高通行效率和服务水平。同时，对于移动支付等现代化收费方式，收费站也应积极引入和应用，以方便过往车辆。

莲花滩收费站的情况可能涉及设备故障或与银行沟通不畅等问题，导致无法正常使用移动支付或ETC等现代化收费方式。但即便如此，收费站也应尽快修复设备或解决沟通问题，而不是长期采用不合规的收费方式。

如果您在行驶过程中遇到类似问题，比如收费站只收现金或扫描个人收款码等不合规情况，您可以采取以下措施：

1. 保留证据：如拍照、录像或保存相关票据等，以便后续维权。
2. 向相关部门投诉：您可以通过拨打交通运输服务监督电话12328或进入相关小程序进行投诉，反映收费站的不合规情况。
3. 了解收费标准：在行驶前，您可以提前了解目的地的收费标准和管理规定，以便在遇到问题时能够有理有据地维权。

总之，国道收费站的存在本身并不违法，但在具体操作中需要遵循相关法规和管理规定。如果您遇到不合规的收费情况，应及时向相关部门投诉并保留证据，以维护自己的合法权益。