在交通事故中，如果驾驶员（司机）受伤，且车主与司机并非同一人时，赔偿问题的处理确实需要依据具体情形和法律条款来细致分析。以下是对这一问题的详细解答：

一、赔偿的基本原则与影响因素

赔偿问题首先受到司机与车主之间关系的影响，这包括雇佣关系、借用/租赁关系、司机与车主为同一人（此情况不涉及车主对司机的赔偿）或司机在执行单位工作任务等。此外，事故责任划分以及保险情况也是决定赔偿方式和金额的关键因素。

二、不同关系下的赔偿处理

1. 雇佣关系

   • 如果司机是在从事雇佣活动中受伤，根据《民法典》的相关规定，车主（雇主）应承担赔偿责任。这包括医疗费、护理费、误工费、交通费等多项费用。
   • 如果事故中存在第三方侵权，司机既可以请求第三人承担侵权责任，也有权要求车主进行补偿。车主在补偿后，有权向第三人追偿。

2. 借用、租赁关系

   • 如果车主对损害的发生没有过错（例如车辆没有安全隐患，司机有合法的驾驶资格），根据《民法典》的规定，车主不承担赔偿责任。
   • 如果车主存在过错（例如明知司机没有驾驶资格仍出借车辆，或者车辆存在安全隐患），车主需要根据其过错程度承担相应的赔偿责任。

3. 执行单位工作任务

   • 如果司机是在执行工作任务时受伤，这属于工伤范畴。根据《民法典》和工伤保险的相关规定，司机可以享受工伤保险待遇，由用人单位和工伤保险基金支付相应的费用。
   • 同时，如果事故是由第三方造成的，司机还可以向第三方主张侵权赔偿。

三、保险赔偿的作用与流程

• 交强险与商业险：交强险主要用于赔偿第三方的损失，但在某些情况下也涉及车上人员的赔付。商业险中的车上人员责任险则专门用于赔偿车上人员在交通事故中的伤害。
• 保险理赔流程：受伤司机应首先通过交强险在责任限额内获得赔偿。如果交强险的赔偿不足，再由商业三者险根据保险合同进行赔偿。如果仍有不足，则由责任方按照过错比例承担赔偿责任。

四、法律程序与争议解决

• 协商与调解：在赔偿问题上，首先应尝试通过协商解决。如果协商无果，可以寻求交警部门或人民调解委员会的调解。
• 诉讼途径：如果协商和调解都无法解决问题，受伤司机可以依法提起诉讼，要求相关方承担赔偿责任。在诉讼过程中，专业律师的介入将有助于维护司机的合法权益。

五、总结与建议

交通事故中司机受伤的赔偿问题确实复杂多变，需要综合考虑多种因素。因此，建议受伤司机在发生事故后及时咨询专业律师或保险机构，以明确自己的权益和赔偿途径。同时，也提醒所有车主和司机加强交通安全意识，遵守交通规则，共同减少交通事故的发生。