两个村的农民自愿互换土地，在符合法定条件和程序的情况下是合法的。具体分析如下：

1. 土地互换需基于自愿和平等原则
   根据《农村土地承包法》第三十四条，土地承包经营权流转的主体是承包方，承包方有权依法自主决定土地承包经营权是否流转和流转的方式。因此，双方农民必须完全自愿，且互换条件（如土地面积、质量、位置等）需平等协商，不得存在欺诈、胁迫或显失公平的情形。

2. 互换土地需在同一集体经济组织内
   法律对土地互换的主体范围有明确限制。根据《农村土地承包法》第三十三条，土地承包经营权互换应当在同一集体经济组织的农户之间进行。若两个村属于不同的集体经济组织（如不同行政村或自然村），则直接互换土地可能因违反法定主体限制而无效。
   例外情形：若双方已通过合法程序（如土地征收、集体经济组织合并等）使土地权属发生变更，或地方性法规允许跨集体经济组织互换（需以具体政策为准），则可能例外。

3. 互换需签订书面合同并报发包方备案
   根据《农村土地承包法》第三十五条，土地承包经营权互换应当签订书面合同，并明确互换期限、用途、违约责任等内容。合同签订后，需向发包方（如村委会）备案，以确保互换行为的公开性和合法性。未履行备案程序可能影响合同效力，但不影响互换行为的实质合法性（部分地区可能要求备案为生效要件，需以地方规定为准）。

4. 互换后需办理土地承包经营权变更登记
   根据《民法典》第三百三十五条，土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记；未经登记，不得对抗善意第三人。因此，互换后建议双方及时办理变更登记，以避免因权属纠纷导致的法律风险。

操作建议：

1. 确认双方是否属于同一集体经济组织；
   
2. 签订书面互换合同，明确权利义务；
   
3. 向发包方备案并办理变更登记；
   
4. 保留互换过程的证据（如协商记录、合同、备案证明等）。
   

若涉及跨集体经济组织互换，建议先咨询当地农业农村部门或自然资源部门，了解具体政策要求。如有其他疑问，可直接向我咨询。