离职证明上写“双方协议解除”通常不会有负面影响，但具体影响取决于离职的实际情况和后续需求。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面
合法性：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除可以是双方协商一致的结果。因此，在离职证明上注明“双方协议解除”是合法的，它反映了劳动合同解除的一种常见方式。
证明效力：离职证明是证明劳动者与用人单位之间劳动关系解除的重要文件。无论离职原因是双方协议解除、劳动者单方解除还是用人单位单方解除，离职证明都应如实反映离职的事实和原因。只要离职证明的内容真实、准确，且符合相关法律法规的规定，它就具有法律效力。
二、实际影响
求职影响：在求职过程中，新雇主可能会要求查看求职者的离职证明。如果离职证明上注明“双方协议解除”，这通常不会对求职者产生负面影响。因为双方协议解除是一种和平、友好的离职方式，可能表明求职者在与前雇主的关系处理上较为得体。然而，如果离职的实际原因涉及违纪、违法或严重失职等负面情况，而离职证明却未如实反映，这可能会在未来引发潜在的法律风险或信誉问题。
社保和公积金转移：离职证明也是办理社保和公积金转移等手续的重要文件。无论离职原因如何，只要离职证明真实有效，就不会影响这些手续的办理。
劳动争议处理：如果未来发生劳动争议，离职证明可以作为证明劳动关系解除的重要证据。如果离职证明上的内容与实际情况不符，可能会影响争议的处理结果。
三、建议
确保内容真实：在开具离职证明时，用人单位应确保内容真实、准确，如实反映离职的原因和事实。劳动者在收到离职证明后，也应仔细核对内容，确保无误。
保留相关证据：无论是用人单位还是劳动者，都应保留与离职相关的证据，如离职协议、解除劳动合同通知书等。这些证据在未来可能用于证明离职的原因和事实。
咨询专业律师：如果对离职证明的内容或离职过程中的法律问题有疑问，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助维护合法权益。
总结来说，离职证明上写“双方协议解除”通常不会有负面影响，但前提是离职证明的内容必须真实、准确，且符合相关法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。