结论：私立学校一天没上办理退学要扣除百分之二十违约金是否合理，不能一概而论，需结合具体情况判断，主要看合同约定和法律规定。以下从不同角度为你详细分析：
从合同约定角度分析
- 合同有明确约定且合法合理
- 如果在入学时，学校与家长或学生签订的入学合同、协议等文件中，明确约定了“若学生办理退学，无论是否实际入学，均需扣除百分之二十作为违约金”，并且该条款不存在违反法律强制性规定、显失公平等情形，那么学校扣除百分之二十违约金是有合同依据的，从合同层面来说具有一定的合理性。
- 例如，合同中明确说明学校为了学生的入学做了大量的前期准备工作，包括师资安排、教学资源调配等，这些工作都产生了相应的成本，扣除一定比例的违约金是为了弥补这些成本损失。在这种情况下，只要学校能够证明其实际损失与扣除的违约金数额相当，那么扣除行为就是合理的。
- 合同约定不明确或存在违法情形
- 若合同中没有关于退学违约金的具体约定，或者约定的违约金比例过高，明显超出了学校可能遭受的实际损失，那么学校扣除百分之二十违约金就缺乏合同依据，是不合理的。
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。一般来说，如果违约金数额高于实际损失的30%，就可能被认定为“过分高于”。比如学校实际为该学生入学产生的成本只有1000元，但扣除的违约金却达到了2000元，这就明显过高了。
从法律规定角度分析
- 学校扣除违约金需有合法依据
- 学校作为教育机构，在收取违约金时必须有合法的理由和依据。如果学校不能证明学生退学给其造成了实际的经济损失，或者不能证明扣除的违约金与实际损失之间存在合理的关联性，那么其扣除行为就可能违反法律规定。
- 例如，学校只是单纯地以“维护教学秩序”等理由扣除违约金，但没有提供任何关于实际损失的证据，这种扣除行为就缺乏合法性。
- 保护消费者权益的角度
- 学生和家长作为消费者，在与学校的教育服务合同关系中处于相对弱势的地位。根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，经营者不得以格式条款、通知、声明、店堂告示等方式，作出排除或者限制消费者权利、减轻或者免除经营者责任、加重消费者责任等对消费者不公平、不合理的规定。
- 如果学校在入学合同中单方面规定了高额的退学违约金条款，且没有对学生进行充分的提示和说明，那么该条款可能被认定为无效，学校扣除百分之二十违约金的行为也就不合理。
建议：如果你认为学校扣除百分之二十违约金不合理，可以先与学校进行协商沟通，要求学校说明扣除违约金的依据和计算方式，并提供相关的证据证明其实际损失。如果协商无果，你可以向当地的教育主管部门投诉，或者通过法律途径解决，如向法院提起诉讼，要求学校返还多扣除的违约金。如果你有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。