在司法鉴定中，施工合同有效与无效的主要区别体现在鉴定范围、鉴定依据、鉴定结论的法律效力以及后续处理方式上。以下是对这些区别的详细分析：
鉴定范围：
- 合同有效时：司法鉴定主要围绕合同约定的内容展开，包括但不限于工程质量、工期、造价等。鉴定机构会依据合同条款、行业标准及规范，对施工过程中的各项指标进行评估，以确定施工是否符合合同要求。
- 合同无效时：鉴定范围可能更加广泛，不仅涉及合同约定的内容，还可能包括对合同无效原因的探究，如是否存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形。此外，由于合同无效，鉴定机构可能更侧重于对实际施工情况的评估，以确定实际完成的工程量、质量等，为后续的赔偿或返工提供依据。
鉴定依据：
- 合同有效时：鉴定主要依据合同条款、相关法律法规及行业标准。合同条款是双方约定的权利义务基础，法律法规及行业标准则是判断施工是否合规的客观标准。
- 合同无效时：鉴定依据可能更加复杂，除了考虑实际施工情况外，还需参考相关法律法规对无效合同的处理原则。例如，根据《民法典》的相关规定，合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。因此，在鉴定过程中，可能需要综合考虑这些因素来确定赔偿或补偿的金额。
鉴定结论的法律效力：
- 合同有效时：鉴定结论通常作为法院判决或仲裁裁决的重要依据，对双方具有法律约束力。如果一方对鉴定结论有异议，可以在规定期限内提出重新鉴定或申请专家辅助人出庭质证。
- 合同无效时：鉴定结论同样具有法律效力，但可能更多地用于确定双方的责任比例和赔偿金额。由于合同无效，双方可能无法直接依据合同条款主张权利，而是需要根据鉴定结论和法律法规的规定来协商解决或由法院判决。
后续处理方式：
- 合同有效时：如果鉴定结论显示施工符合合同要求，则发包方应按约定支付工程款；如果施工不符合合同要求，则承包方可能需要承担返工、修理等责任，并可能面临违约金等处罚。
- 合同无效时：后续处理方式可能更加复杂。如果鉴定结论显示实际施工情况符合某种质量标准或行业标准，但合同因其他原因无效，则双方可能需要根据实际情况协商解决工程款的支付问题。如果施工存在质量问题或未完成约定工程量，则可能需要根据过错程度分担责任，并进行相应的赔偿或返工。
总结与建议：
在司法鉴定中，施工合同的有效与无效对鉴定范围、依据、结论的法律效力及后续处理方式均产生重要影响。因此，在签订施工合同时，双方应确保合同内容合法、合规，并明确约定各项条款，以减少后续纠纷的可能性。如果发生纠纷并涉及司法鉴定，建议双方积极配合鉴定机构的工作，提供真实、完整的证据材料，以便鉴定机构能够准确、公正地作出鉴定结论。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。