结论：甲方的保险公司仍需在商业险范围内承担赔偿责任，但乙方的未年检行为可能影响责任比例划分，需结合具体情况分析。以下是详细说明：

1. 甲方全责的认定与保险公司赔偿义务
   根据《道路交通安全法》第76条，机动车之间发生交通事故，由有过错的一方承担赔偿责任。甲方被认定为全责，意味着其需承担乙方全部损失的赔偿责任。
   在商业险范围内，保险公司需根据《保险法》第65条及保险合同约定，直接向乙方赔偿甲方应承担的损失（如车辆维修费、施救费等）。只要甲方不存在保险合同约定的免责事由（如酒驾、逃逸等），保险公司无权拒赔。

2. 乙方车辆未年检对赔偿的影响
   未年检属于行政违法行为（《道路交通安全法》第13条），但其本身不直接导致保险公司免责。保险公司若主张拒赔或减赔，需证明未年检与事故存在因果关系（例如：未年检导致车辆制动失灵，进而引发事故）。

   • 若保险公司能举证因果关系：可能通过“近因原则”主张部分免责，但需法院综合认定责任比例（如甲方承担80%，乙方因未年检自担20%）。
     
   • 若保险公司无法举证因果关系：仍需全额赔偿，乙方未年检的行政责任由交警部门另行处罚（如罚款、扣分），不影响民事赔偿。

3. 实务建议

   • 对甲方：若保险公司以未年检为由拒赔，可要求其提供因果关系证据（如鉴定报告），否则应通过诉讼或投诉维护权益。
     
   • 对乙方：即使未年检，仍可主张甲方全责下的赔偿，但需配合提供事故证据（如现场照片、交警认定书）。同时，建议尽快补办年检以避免行政处罚。
     

总结：甲方保险公司原则上需赔偿，但未年检可能成为保险公司抗辩的理由。具体赔偿比例需结合事故原因、证据情况由法院或调解机构裁定。如有争议，可进一步向我提供事故细节（如未年检项目、事故成因等），我会为您分析具体风险点。