合同违约金在汇算清缴时是否需要调增，需分情况讨论，具体如下：

1. 企业所得税角度
   根据《企业所得税法》第八条及实施条例第三十三条，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出（包括违约金）可在税前扣除。但需满足两个条件：

   • 真实性：需提供合同、付款凭证、对方收据等证明违约金实际发生；
     
   • 合理性：违约金金额需与违约行为造成的损失相当，若明显过高（如超过实际损失30%），可能被税务机关调整。
     结论：符合条件的违约金无需调增，可直接税前扣除；若不符合条件（如无法证明真实性或金额不合理），则需调增应纳税所得额。

2. 个人所得税角度
   若违约金支付对象为个人（如员工、自然人合作伙伴），需区分性质：

   • 经营相关违约金（如因违约终止合作支付的赔偿）：若个人能提供合法凭证（如合同、法院判决），通常无需代扣代缴个税；
     
   • 劳动相关违约金（如员工违反竞业限制支付的赔偿）：根据《个人所得税法》，需按“偶然所得”或“其他所得”代扣20%个税。
     结论：需根据违约金性质判断是否涉及个税，若涉及则需代扣代缴，但无需调增企业所得税应纳税所得额。

3. 特殊情形：关联交易违约金
   若违约金涉及关联方（如母子公司、兄弟公司），税务机关可能依据《特别纳税调整实施办法》审查交易是否符合独立交易原则。若违约金金额被认定为转移利润，可能面临纳税调整。
   结论：关联交易违约金需额外关注合理性，否则可能被调增。

建议：

• 保留完整证据链（合同、付款记录、对方确认文件等）；
  
• 违约金金额建议与实际损失匹配，避免过高引发税务风险；
  
• 涉及关联交易时，提前评估独立交易原则合规性。
  

如有具体案例或合同条款需分析，可进一步向我咨询。