关于法院调解还款协议中违约金多少才算合法的问题，这并没有一个固定的标准答案，而是需要根据具体情况和相关法律规定来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
法律对违约金的一般规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
法院调解中的违约金设定：
- 在法院调解过程中，双方当事人可以在法律允许的范围内自由约定违约金的数额或计算方式。这个约定应当是公平、合理的，既不过高也不过低，以体现对违约行为的惩罚和对守约方的补偿。
- 如果双方约定的违约金过高，违约方可以请求法院或仲裁机构予以适当减少。法院或仲裁机构在判断违约金是否过高时，会综合考虑违约方的过错程度、守约方的实际损失、合同的履行情况等因素。
合法违约金的判断标准：
- 合理性：违约金的数额应当与违约行为可能造成的损失相当，不能过高或过低。如果违约金过高，可能被视为对违约方的过度惩罚，从而不被法院支持。
- 公平性：违约金的设定应当体现公平原则，不能一方利用优势地位迫使另一方接受不合理的违约金条款。
- 合法性：违约金的设定必须符合法律法规的规定，不能违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。
实际操作中的建议：
- 在设定违约金时，双方应当充分考虑违约行为可能造成的损失，并在此基础上进行协商。如果可能的话，可以请专业律师进行评估和指导，以确保违约金的设定既合法又合理。
- 如果双方对违约金的数额存在争议，可以在法院调解过程中提出，并由法院或仲裁机构根据具体情况进行裁决。
举例说明：假设双方在法院调解还款协议中约定，如果违约方未按时还款，需要支付守约方违约金5万元。如果违约方认为这个违约金过高，可以请求法院或仲裁机构予以适当减少。法院或仲裁机构在判断时，会考虑守约方的实际损失（如利息损失、催收费用等）、违约方的过错程度、合同的履行情况等因素，然后决定是否减少违约金以及减少的幅度。
总结来说，法院调解还款协议中违约金的合法性并没有一个固定的标准，而是需要根据具体情况和相关法律规定来综合判断。如果你在设定或面对违约金条款时有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。