结论：劳动仲裁后，被告没有履行赔偿协议，申请法院强制执行一般不需要单独付费，但可能会产生一些实际执行费用，这些费用通常由被执行人承担。
详细分析：
申请强制执行的基本流程与费用：
- 当劳动仲裁裁决生效后，如果被告（即被执行人）未按照裁决履行赔偿义务，申请方（即执行申请人）可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。
- 在申请强制执行的过程中，通常不需要申请方预先支付执行费用。执行费用是在执行过程中实际产生的，如查封、扣押、拍卖等费用，这些费用会根据实际执行情况由法院确定，并最终由被执行人承担。
执行费用的承担原则：
- 根据《诉讼费用交纳办法》等相关法律法规，执行费用原则上由被执行人负担。这意味着，如果申请强制执行成功，被执行人不仅需要履行原赔偿协议中的义务，还需要承担执行过程中产生的相关费用。
- 如果执行过程中因被执行人确无财产可供执行等原因导致执行不能，法院可能会裁定终结本次执行程序。在这种情况下，已经产生的执行费用可能会根据具体情况由申请方或被执行人承担，但通常不会要求申请方预先支付全部执行费用。
特殊情况下的费用承担：
- 在某些特殊情况下，如申请方在申请强制执行时提出了超出原裁决范围的请求，或者因申请方的原因导致执行过程中产生了不必要的费用，法院可能会根据具体情况判决由申请方承担部分或全部额外费用。
- 另外，如果申请方在申请强制执行前未按照法律规定履行必要的程序或提供充分的证据，导致执行过程中产生了额外的费用或延误了执行时间，法院也可能会根据具体情况对费用承担作出相应调整。
建议与注意事项：
- 在申请强制执行前，建议申请方仔细审查原劳动仲裁裁决书，确保裁决内容明确、具体且已生效。
- 准备好相关证据材料，如仲裁裁决书、送达回证、被执行人财产线索等，以便在申请强制执行时能够顺利提交。
- 在申请强制执行过程中，保持与法院的沟通联系，及时了解执行进展情况，并根据法院的要求配合执行工作。
- 如果对执行费用或其他执行相关问题有疑问或担忧，可以及时向法院咨询或寻求专业律师的帮助。
后续行动：
- 如果您在申请强制执行过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。