结论前置：在原告申请强制执行后，如果被告主动支付了款项，法院是否还要收取执行费，这主要取决于执行费是否已经产生以及支付的具体情况。一般情况下，如果执行程序已经启动并产生了执行费，即便被告后续主动支付，该费用仍需由被告承担；若执行程序尚未正式启动或未产生实际执行费用，则可能不会涉及执行费的收取。
详细分析：
执行费的产生与承担原则：
- 根据《诉讼费用交纳办法》及相关法律规定，执行费是执行过程中产生的费用，原则上由被执行人（即被告）承担。
- 执行费的金额通常根据执行标的额来计算，具体计算方式可参考《诉讼费用交纳办法》的相关规定，如没有执行数目或者价额的，每件交纳50元至500元；执行金额或者价额不超过1万元的，每件交纳50元等。
被告主动支付对执行费的影响：
- 如果被告在执行程序启动后、执行费产生前主动支付了全部或部分款项，且执行程序因此得以终结或部分终结，那么可能不会产生全部的执行费，或者已产生的部分执行费可能会根据实际情况进行调整。
- 如果执行程序已经启动并产生了执行费，即便被告后续主动支付了款项，该执行费仍需由被告承担，因为执行费是执行过程中已经实际发生的费用。
特殊情况下的处理：
- 在某些情况下，如果双方达成和解协议，并对执行费用的承担有特别约定，如申请执行人（即原告）自愿承担部分或全部执行费，那么应按双方约定处理。
- 如果执行程序因被告确无财产可供执行等原因而终结，且申请执行人自愿负担执行费用的，此时申请执行人可能需要支付执行费。但这种情况与被告主动支付款项不同，需要具体分析。
法律建议：
- 对于原告而言，在申请强制执行前，应充分了解执行费用的相关规定，以便在申请时做出合理的评估和决策。
- 如果被告主动提出支付款项，原告应与被告明确支付的具体金额、时间以及是否包含执行费等事项，以避免后续产生纠纷。
- 如果对执行费用的承担有疑问或争议，建议及时向法院咨询或寻求专业法律帮助，以确保自身权益不受损害。
可能的后果：
- 如果被告未按照约定支付执行费或原告对执行费的承担有异议，可能会引发新的法律纠纷或执行程序，增加双方的法律成本和时间成本。
- 因此，建议双方在处理执行费用问题时保持沟通、协商一致，并尽可能通过书面形式明确约定，以避免后续产生不必要的纠纷。