开荒地化为永久基本农田后，能否申请确权需分情况讨论，具体如下：

1. 若开荒地已通过合法程序被纳入永久基本农田范围
   根据《土地管理法》及《基本农田保护条例》，永久基本农田的划定需经法定程序（如县级政府规划、自然资源部门审核、省级政府批准等）。若您的开荒地已通过合法程序被纳入永久基本农田，且您已通过合法方式（如承包、流转、开垦后经村集体确认等）取得土地使用权，则可以依法申请确权。

   • 确权依据：需提供土地承包合同、村集体证明、政府划定文件等材料，证明土地来源合法且符合确权条件。
     
   • 例外情形：若开荒行为本身违反《土地管理法》（如未经批准开垦荒地），则可能面临行政处罚，且无法通过确权程序合法化土地权益。

2. 若开荒地未通过合法程序被纳入永久基本农田范围
   若开荒地未经法定程序被划入永久基本农田，或开垦行为本身存在违法情形（如破坏生态、占用禁止开垦区域等），则无法直接申请确权。此时需分步骤处理：

   • 第一步：补办合法手续：若开垦行为符合土地利用总体规划，可向当地自然资源部门申请补办开垦审批手续，将土地纳入合法管理范围。
     
   • 第二步：申请纳入永久基本农田：在土地合法化后，若符合永久基本农田划定标准（如土壤质量、灌溉条件等），可由县级政府组织纳入保护范围。
     
   • 第三步：申请确权：完成上述程序后，方可依法申请土地确权。

3. 特殊情形：历史遗留问题
   若开荒行为发生在较早时期（如20世纪80-90年代），且长期由您实际使用、耕种，但未办理合法手续，可尝试通过以下途径解决：

   • 协商确权：与村集体协商，签订土地承包合同，明确土地使用权。
     
   • 行政确权：向当地政府申请土地权属确认，提供历史使用证据（如证人证言、耕种记录等）。
     
   • 司法途径：若协商或行政确权无果，可向法院提起行政诉讼，请求确认土地权益。

建议：

• 优先核实土地是否已通过合法程序纳入永久基本农田（可向当地自然资源部门查询）；
  
• 若土地来源合法，及时准备确权材料（如承包合同、政府文件等）；
  
• 若存在历史遗留问题，建议咨询专业律师，制定个性化解决方案。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。