结论：在电动车撞上路边违停车辆，且电动车被认定为主要责任的情况下，机动车保险公司会在交强险责任限额内进行赔付，超出交强险部分，若机动车投保了商业三者险，保险公司会根据商业三者险合同约定及事故责任比例进行赔付，但赔付比例会因电动车主要责任而相应降低。以下为详细分析：

1. 交强险赔付：

   • 交强险是机动车必须购买的强制性保险，其赔付不区分事故责任大小。
   • 在电动车与违停机动车的交通事故中，即使电动车被认定为主要责任，机动车的交强险仍需在责任限额内进行赔付。
   • 交强险的赔付限额包括死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额和财产损失赔偿限额，具体数额根据最新规定执行。

2. 商业三者险赔付：

   • 如果机动车除了交强险外，还投保了商业三者险，那么超出交强险赔付限额的部分，保险公司会根据商业三者险的合同约定进行赔付。
   • 在电动车主要责任的情况下，机动车的商业三者险赔付比例会相应降低。具体赔付比例会根据事故责任划分、保险合同条款以及当地司法实践等因素综合确定。
   • 例如，如果电动车被认定承担70%的责任，那么机动车的商业三者险可能只赔付剩余30%损失中的一部分，具体比例还需看保险合同如何约定。

3. 赔付流程与注意事项：

   • 发生事故后，应立即报警并保护现场，等待交警到来进行责任认定。
   • 及时联系机动车的保险公司，报告事故情况并按照要求提供相关证明材料。
   • 保险公司会根据事故责任认定、保险合同条款以及当地法律法规进行赔付计算。
   • 如果对保险公司的赔付决定有异议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。

特殊情况提醒：如果违停机动车存在严重违法行为（如故意违停、遮挡号牌等），且这些违法行为与事故发生有直接因果关系，那么机动车一方可能需要承担更大的责任比例，甚至可能被认定承担全部或主要责任。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。

建议：在处理此类交通事故时，建议当事人及时咨询专业律师或保险顾问，以便更准确地了解自身权益和赔付流程。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解释，可以直接向我咨询。