结论：公司按最低工资标准来计算加班费，一般是不合理且不合法的。下面从不同角度为你详细分析并说明如何收集证据。

合法性分析

1. 法律规定层面：根据《工资支付暂行规定》第十三条，用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：
   • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
   • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
   • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。 这里的“工资”指的是劳动者在劳动合同中所约定的正常工作时间工资，并非最低工资标准。所以公司按最低工资标准计算加班费不符合法律规定。
2. 特殊情况说明：如果劳动合同中明确约定了以最低工资标准作为计算加班费的基数，且该约定不低于当地最低工资标准，同时劳动者在签订合同时是自愿且知情的，那么在司法实践中，这种约定有可能被认可。但这种情况比较少见，且需要满足诸多条件。

证据收集方法

1. 劳动合同：劳动合同是证明你与公司之间劳动关系以及工资约定的重要文件。仔细查看合同中关于工资构成、加班费计算基数等条款的约定。如果合同中明确规定了正常工作时间工资数额，而公司却按最低工资标准计算加班费，这就是有力的证据。
2. 工资条：工资条能够清晰地显示你的工资构成，包括基本工资、加班工资等项目。保留好每个月的工资条，如果工资条上显示的加班费计算基数与实际不符，或者没有按照法律规定计算，可以作为证据使用。
3. 考勤记录：考勤记录可以证明你的加班时间和加班天数。你可以向公司要求提供考勤记录，如果公司拒绝提供，你可以通过拍照、录像等方式记录自己的考勤情况，或者让同事作为证人证明你的加班事实。
4. 加班通知：如果公司通过书面通知、邮件、短信等方式安排你加班，保留好这些通知，它们可以证明你是按照公司的安排进行加班的。
5. 同事证言：如果有其他同事也遇到了同样的情况，可以请他们作为证人，证明公司普遍存在按最低工资标准计算加班费的行为。同事的证言可以作为辅助证据，增强你主张的可信度。

如果你收集到了相关证据，可以先与公司进行协商，要求公司按照法律规定重新计算并支付加班费。如果协商不成，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。