拆迁协议上的特殊申请是否有效，需结合具体情况判断，主要取决于申请内容是否合法、是否符合程序要求以及是否双方真实意思表示。以下从不同角度展开分析：

1. 申请内容合法性
   若特殊申请的内容符合法律法规（例如申请增加合法面积的补偿、符合政策规定的困难补助等），且不违反公序良俗，通常会被认定为有效。例如，被拆迁人因家庭成员突发重大疾病申请额外补助，若能提供医疗证明且符合当地政策，此类申请可能被支持。
   反之，若申请内容涉及违法要求（如要求超出政策范围的补偿、虚构事实骗取补偿等），则申请无效，甚至可能承担法律责任。

2. 程序合规性
   拆迁协议的签订需遵循法定程序，包括公示、协商、签字确认等环节。若特殊申请未在协议签订前提出，或未经过双方协商一致（如单方面添加条款），可能因程序瑕疵被认定为无效。例如，被拆迁人在协议签订后私自添加“要求额外安置房”的条款，且未得到拆迁方认可，此类条款通常无效。
   若申请通过书面形式明确约定，并经双方签字盖章确认，则程序合规性较高，有效性更强。

3. 双方真实意思表示
   拆迁协议的本质是合同，需体现双方真实意愿。若特殊申请是双方协商一致的结果（如拆迁方同意为被拆迁人解决子女入学问题作为补偿条件），且无欺诈、胁迫等情形，则申请有效。
   若申请存在显失公平（如拆迁方利用优势地位迫使被拆迁人接受不合理条件），被拆迁人可依据《民法典》第151条主张撤销或变更协议。

建议：

• 若您是被拆迁人，提出特殊申请前需核实当地政策，确保内容合法；申请应以书面形式提出，并保留协商记录（如录音、聊天记录）。
  
• 若您是拆迁方，对特殊申请需严格审核，避免因妥协违法要求而引发后续纠纷。
  
• 无论哪方，若对申请有效性存疑，可委托律师审查协议条款，或通过行政复议、诉讼等途径解决争议。
  

如有具体协议内容或申请细节，可进一步向我说明，我会为您分析具体风险点。