针对您提出的“司机肇事后逃逸，查获时正在饮酒怎么办”这一问题，我将从责任认定、酒驾与醉驾的界定、酒精含量检测与证据收集，以及法律后果认定这几个方面，为您详细解答。

一、责任认定

根据《道路交通事故处理程序规定》的相关条款，发生道路交通事故后逃逸的当事人，通常会被认定为承担事故的全部责任，除非有确凿证据证明对方当事人也存在过错，此时可适当减轻逃逸方的责任。若逃逸方还存在故意破坏现场或毁灭证据的行为，那么其承担全部责任的可能性将更大。因此，在您所描述的情境中，如果司机肇事后逃逸，且没有证据表明对方有过错，那么该司机很可能被认定为承担事故的全部责任。

二、酒驾与醉驾的界定

在处理此类案件时，明确酒驾与醉驾的界定至关重要。依据国家质量监督检验检疫总局发布的相关标准：

• 饮酒驾车：指车辆驾驶人员血液中酒精含量达到或超过20mg/100ml，但低于80mg/100ml。
• 醉酒驾车：指车辆驾驶人员血液中酒精含量达到或超过80mg/100ml。

这一界定标准将直接影响对司机行为的法律评价和处罚力度。

三、酒精含量检测与证据收集

在查获肇事后逃逸且正在饮酒的司机时，酒精含量的检测和证据的收集是关键环节。

1. 直接证据：主要通过呼气式酒精测试仪或血液酒精测试来科学测量当事人体内的酒精含量。这是认定酒驾或醉驾的直接和关键依据。
2. 间接证据：包括事故现场的酒瓶、酒味等物证，以及当事人的言行举止（如说话含糊、站立不稳）和目击者或其他相关人员的证言。这些间接证据虽然不能单独作为认定酒驾或醉驾的依据，但可以与直接证据相结合，形成完整的证据链。
3. 综合考量：在处理案件时，应公正、客观、全面地综合考虑所有证据，包括当事人的陈述和辩解，以确定其是否存在饮酒后交通肇事逃逸的行为。

四、法律后果认定

根据司机饮酒后的酒精含量、事故责任及逃逸情节，其可能面临不同程度的行政处罚、民事赔偿乃至刑事处罚。

1. 饮酒驾驶肇事逃逸未构成犯罪：

   • 行政处罚：暂扣六个月机动车驾驶证，并处一千元以上二千元以下罚款；另处二百元以上二千元以下罚款，可并处十五日以下拘留。
   • 民事赔偿：承担事故造成的人身伤害和财产损失的赔偿责任。

2. 醉酒驾驶肇事逃逸未构成犯罪：

   • 行政处罚：约束至酒醒，吊销机动车驾驶证，五年内不得重新取得；依法追究刑事责任。
   • 刑事处罚：构成危险驾驶罪，处拘役，并处罚金。

3. 交通肇事逃逸构成犯罪：

   • 定罪标准：交通肇事致一人以上重伤且负事故全部或主要责任，并具有酒后驾驶情形的，以交通肇事罪定罪处罚。逃逸行为作为加重情节予以考虑。
   • 刑事处罚：处三年以下有期徒刑或者拘役；逃逸或有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。

综上所述，对于司机肇事后逃逸且查获时正在饮酒的情况，必须严格依法进行认定和处理，确保法律的公正性和权威性。同时，也提醒广大驾驶员切勿酒后驾车，以免给自己和他人带来不可挽回的损失。