在刑事案件中，如果被告人拒不认罪且已经开庭两次，案件的处理方式会依据具体的证据情况、法律规定以及司法实践来综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、证据充分情况下的处理
证据确实、充分，足以认定犯罪事实：
- 如果法院在两次开庭后，认为证据确实、充分，能够形成完整的证据链，足以认定被告人的犯罪事实，那么法院会依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，依法作出有罪判决。
- 在这种情况下，被告人的拒不认罪不会影响法院的判决结果，因为法院的判决是基于证据和法律，而非被告人的口供。
证据收集与审查：
- 法院在审理过程中，会严格审查证据的合法性、真实性和关联性。如果证据存在瑕疵或不足，法院可能会要求检察机关补充证据或进行进一步调查。
- 被告人及其辩护人也有权对证据提出质疑，并申请法院排除非法证据或要求重新鉴定、勘验等。
二、证据不足情况下的处理
证据不足，不能认定犯罪事实：
- 如果法院在两次开庭后，认为证据不足，不能形成完整的证据链，无法认定被告人的犯罪事实，那么法院会依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，作出无罪判决或建议检察机关撤回起诉。
- 在这种情况下，被告人的拒不认罪反而可能成为法院考虑无罪判决的一个因素，因为法院需要确保判决的公正性和准确性。
补充侦查与延期审理：
- 如果法院认为证据不足，但认为通过补充侦查有可能收集到足够证据，法院可能会决定延期审理，并要求检察机关在规定期限内补充侦查。
- 补充侦查后，法院会再次开庭审理，并根据新的证据情况作出判决。
三、被告人态度与量刑
被告人态度对量刑的影响：
- 虽然被告人的拒不认罪不会影响法院对犯罪事实的认定，但在量刑时，法院可能会考虑被告人的认罪态度。
- 如果被告人拒不认罪且态度恶劣，法院可能会在量刑时予以从重处罚；反之，如果被告人认罪态度较好，法院可能会在量刑时予以从轻处罚。
量刑的法律依据：
- 法院在量刑时，会依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，结合被告人的犯罪情节、社会危害程度、认罪态度等因素进行综合判断。
四、后续法律程序
上诉与抗诉：
- 如果被告人对一审判决不服，可以在规定期限内提出上诉；检察机关如果认为一审判决有误，也可以在规定期限内提出抗诉。
- 上诉或抗诉后，案件将进入二审程序，由上级法院进行审理并作出最终判决。
申诉与再审：
- 如果被告人认为二审判决仍有错误，可以在规定期限内向法院或检察机关提出申诉。
- 法院或检察机关在审查申诉后，如果认为原判决确有错误，可能会决定启动再审程序，对案件进行重新审理。
总结与建议：
- 在刑事案件中，被告人的拒不认罪不会影响法院对犯罪事实的认定，但可能会影响量刑结果。
- 法院在审理过程中，会严格审查证据，确保判决的公正性和准确性。
- 如果被告人对判决结果不服，可以通过上诉、抗诉、申诉等法律程序来维护自己的合法权益。
- 如果你或你身边的人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解案件进展和法律程序，制定有效的辩护策略。