结论：离职时按照合同工资3千支付，而不按照每个月的到手工资支付，是否合法，需分情况讨论。
分析：
合同工资与到手工资的定义及关系：
- 合同工资：通常指劳动合同中约定的工资数额，是劳动者与用人单位在签订劳动合同时就工资标准达成的合意。
- 到手工资：劳动者实际收到的工资，可能因扣除社保、公积金、个人所得税等因素而少于合同工资。
合法性分析：
情况一：合同工资与到手工资差异合理：
- 如果合同工资与到手工资之间的差异是由于合法的扣除项（如社保、公积金、个人所得税等）导致的，且这些扣除项符合相关法律法规的规定，那么用人单位按照合同工资支付离职时的工资是合法的。但实际操作中，离职时一般应支付的是劳动者实际应得的工资，即到手工资（在扣除必要费用前，应确保已支付的工资不低于最低工资标准，且扣除后也不低于最低工资标准对应的实发数额）。不过，若合同明确约定离职时按合同工资支付，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也可能被认定为合法。但这种情况较为特殊，需具体分析合同条款及当地司法实践。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应依法支付劳动者工资，且工资支付应遵循诚实信用原则。同时，社保、公积金等扣除项需符合相关法律法规的规定。
情况二：合同工资与到手工资差异不合理：
- 如果合同工资与到手工资之间的差异是由于用人单位非法扣除（如未经劳动者同意擅自扣除工资、以不合理的理由扣除工资等）导致的，那么用人单位按照合同工资支付离职时的工资是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照实际应得的工资（即到手工资，在扣除必要费用前）进行支付。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。同时，根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
建议：
- 对于劳动者而言，如果发现用人单位在离职时未按照实际应得的工资进行支付，可以先与用人单位进行协商，要求用人单位按照实际应得的工资进行支付。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
进一步思考：
- 在签订劳动合同时，劳动者应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付的条款，确保自己的权益得到保障。
- 用人单位在制定工资支付制度时，应遵循相关法律法规的规定，确保工资支付的合法性和合理性。
- 在实际操作中，如果合同工资与到手工资之间存在差异，用人单位应向劳动者明确说明差异的原因和计算方式，以避免不必要的纠纷。
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