针对您提出的“虚开增值税专用发票善意取得后如何重新取得合法发票”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、善意取得虚开增值税专用发票的定义与条件

善意取得虚开的增值税专用发票，指的是在购货方与销售方存在真实交易的情况下，购货方在不知情且没有合理理由知道销售方提供的发票是非法获得的情况下取得的发票。要认定为善意取得，需同时满足以下条件：

1. 购货方与销售方之间必须有真实发生的商品交易或服务提供。
2. 销售方使用的专用发票必须与其所在地区一致，且发票上的所有内容（如销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等）必须与实际交易情况完全相符。
3. 购货方在交易中没有参与、协助虚开发票的行为，也没有证据表明其知道或应当知道发票是非法获得的。

二、重新取得合法发票的途径与条件

若您已善意取得虚开的增值税专用发票，并希望重新取得合法发票，可遵循以下途径：

1. 与销售方协商：

   • 首先，尝试与销售方沟通，说明情况，要求其重新开具合法、有效的增值税专用发票。
   • 如果销售方同意并能够重新开具发票，您应确保新发票的内容与实际交易情况完全一致，并妥善保管以备税务机关查验。

2. 取得销售方所在地税务机关的证明：

   • 如果销售方因各种原因无法重新开具发票，您可尝试取得销售方所在地税务机关正在依法查处虚开行为的证明。
   • 该证明应明确说明销售方虚开发票的情况，以及您作为购货方是善意取得的。
   • 取得证明后，您可向购货方所在地税务机关申请准予抵扣进项税款或出口退税。

3. 遵循税务机关的指导：

   • 在整个过程中，您应积极配合税务机关的调查和处理工作，提供必要的证据和材料。
   • 税务机关会根据您的具体情况和提供的证据，指导您如何重新取得合法发票，并处理相关的税务问题。

三、重新取得合法发票后的税务处理

一旦您重新取得了合法、有效的增值税专用发票，您应按照以下方式处理相关的税务问题：

1. 进项税额抵扣：

   • 如果您之前已抵扣了虚开发票的进项税额，现在需要依法进行转出，并重新抵扣新发票的进项税额。
   • 确保新发票的抵扣符合税法规定，避免再次出现税务风险。

2. 企业所得税税前扣除：

   • 新取得的合法发票可作为企业所得税税前扣除的凭证，相关成本费用允许在企业所得税前扣除。
   • 如果您之前已对虚开发票对应的支出进行了税前扣除，现在需要进行纳税调增，并补缴企业所得税。待取得新发票后，再在相应年度进行税前扣除。

四、建议与预防措施

为了避免再次出现善意取得虚开发票的情况，我建议您采取以下预防措施：

1. 加强供应商管理：

   • 选择信誉良好、合规经营的供应商进行合作，降低取得虚开发票的风险。
   • 定期对供应商进行评估和审核，确保其提供的发票真实有效。

2. 完善发票审核制度：

   • 建立健全的发票审核制度，对取得的每一张发票进行严格审核。
   • 确保发票的内容与实际交易情况一致，避免取得虚开或不合规的发票。

3. 加强税务合规培训：

   • 定期对员工进行税务合规培训，提高其对发票管理和税务风险的认识。
   • 确保员工了解税法规定和公司的发票管理制度，避免因疏忽或无知而引发税务风险。

希望以上解答能够帮助您更好地理解和处理善意取得虚开增值税专用发票后重新取得合法发票的问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询税务机关或专业税务人士。