在劳动仲裁程序中，被申请人通常不能直接向仲裁委员会提交“权益保护申请”，但可以通过提出反请求或答辩来维护自身权益。以下是对这一问题的详细分析：

1. 被申请人的一般权利：

   • 在劳动仲裁程序中，被申请人作为争议的一方，有权对申请人的请求进行答辩，提出自己的观点和证据，以反驳申请人的主张。
   • 被申请人还可以就申请人提出的请求提出抗辩，包括但不限于对事实的否认、对法律适用的异议等。

2. 反请求的提出：

   • 如果被申请人认为自己在劳动关系中也享有某些权益，且这些权益受到申请人的侵害，被申请人可以在仲裁过程中提出反请求。
   • 反请求是独立于原请求的另一种请求，它要求仲裁委员会对被申请人与申请人之间的另一争议事项进行裁决。
   • 反请求的提出需要符合仲裁委员会的受理条件，包括与原请求基于同一法律关系或事实、在仲裁时效内提出等。

3. 权益保护申请的替代方式：

   • 严格来说，劳动仲裁程序中并没有“权益保护申请”这一具体程序或文书。被申请人维护自身权益的方式主要是通过答辩和提出反请求。
   • 如果被申请人认为自己的权益受到侵害，且这种侵害与申请人提出的请求无直接关联，或者被申请人希望就另一独立事项寻求仲裁救济，那么被申请人可以考虑在符合仲裁条件的情况下，另行向仲裁委员会提出仲裁申请。

4. 实际操作建议：

   • 被申请人在收到仲裁通知后，应仔细研究申请人的请求和事实依据，准备充分的答辩材料。
   • 如果被申请人认为自己有反请求需要提出，应在规定的期限内向仲裁委员会提交反请求书及相关证据。
   • 在整个仲裁过程中，被申请人应积极配合仲裁委员会的工作，按时参加庭审，遵守仲裁程序规则。

总结来说，虽然被申请人不能直接向仲裁委员会提交“权益保护申请”，但可以通过答辩和提出反请求的方式来维护自己的合法权益。如果你作为被申请人，在劳动仲裁程序中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。