建设工程招标代理合同按“加工承揽合同”税目缴纳印花税，税率为合同金额的万分之五。具体分析如下：

1. 法律依据
   根据《中华人民共和国印花税法》及《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发〔1991〕155号），建设工程招标代理合同属于“加工承揽合同”范畴。招标代理机构受委托完成招标文件编制、组织开标评标等事务，本质是提供劳务并收取报酬，符合加工承揽合同中“受托方按委托方要求完成工作并交付成果”的特征。

2. 税率适用
   加工承揽合同的印花税税率为合同所载金额的万分之五（0.05%）。计算时需以合同总金额为计税依据，不含增值税的金额为基准。例如，合同金额为100万元，则应缴纳印花税500元（100万×0.05%）。

3. 特殊情形说明

   • 若合同中同时包含代理服务与货物采购条款，需分别核算：代理服务部分按加工承揽合同计税，货物采购部分按“购销合同”税目（税率万分之三）计税。
     
   • 实践中，部分地方税务局可能对招标代理合同有细化规定，建议结合合同具体条款与当地税务机关确认，但全国性政策框架下均按加工承揽合同处理。

操作建议：签订合同时明确服务内容与金额，避免模糊条款导致税务争议；纳税申报时按“加工承揽合同”税目填写，并留存合同副本备查。如有其他复杂情形（如涉外合同、混合合同），可进一步向我咨询具体处理方式。