工程咨询合同一般按照“加工承揽合同”来缴纳印花税，税率为合同所载金额的万分之五。以下是对此问题的详细分析：

1. 印花税的基本规定：

   • 印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证（如合同、产权转移书据、营业账簿、权利许可证照等）所征收的一种税。
   • 印花税的计税依据是合同所载的金额，税率则根据合同类型而有所不同。

2. 工程咨询合同的性质：

   • 工程咨询合同通常涉及工程项目的可行性研究、设计、监理、评估等咨询服务。
   • 从合同性质上看，工程咨询合同更接近于“加工承揽合同”，即一方按照另一方的要求完成一定的工作，并交付工作成果，另一方接受工作成果并支付报酬的合同。

3. 印花税的适用税率：

   • 根据印花税的相关规定，“加工承揽合同”的税率为合同所载金额的万分之五。
   • 因此，工程咨询合同在缴纳印花税时，应按照合同所载金额的万分之五来计算应纳税额。

4. 特殊情况说明：

   • 如果工程咨询合同中明确包含了设计、监理等具体服务内容，且这些服务内容在印花税税目中有明确规定的（如“建设工程勘察设计合同”），则可能按照相应税目缴纳印花税。但一般情况下，工程咨询合同更侧重于咨询、评估等服务，因此更倾向于归类为“加工承揽合同”。
   • 另外，如果工程咨询合同是国际间的合同，且涉及跨境服务，那么可能还需要考虑国际税收协定和跨境税收的相关规定。但在大多数情况下，国内工程咨询合同主要遵循国内的印花税规定。

建议：在实际操作中，如果工程咨询合同的性质或内容存在争议，或者对印花税的缴纳有疑问，建议直接向当地税务机关咨询或查阅相关税收法规，以确保合规缴纳印花税。如有其他法律疑问，也可以直接向我咨询。