若发票已开但法院最终判决仅支持部分诉求，您可按以下步骤处理：

1. 明确判决内容与发票金额的对应关系
   首先需核对法院判决中支持的金额与已开发票金额的差异。例如：若您主张10万元并开具全额发票，但法院仅支持5万元，则需区分两种情况：

   • 发票金额与判决金额部分匹配：若发票已包含法院未支持的5万元（如预付款、定金等），您需与对方协商退还多余部分或通过其他法律途径追偿；
     
   • 发票金额完全覆盖判决金额：若对方已按发票金额支付，但法院仅认定部分应支付，您可能需返还超额部分，或通过上诉/申请再审纠正判决。

2. 根据诉讼阶段选择后续行动

   • 若判决已生效：
     
     • 执行阶段：法院仅会强制执行判决支持的金额（如5万元），您需配合提供收款账户等信息；
       
     • 退款义务：若对方已支付全额但判决未支持，您可能需主动退还多余款项，否则对方可另案起诉要求返还不当得利。
       
   • 若判决未生效（上诉期内）：
     您可在15日内向上级法院提起上诉，重点论证法院未支持部分的法律依据（如合同条款、证据充分性等），争取改判支持全额诉求。

3. 税务合规处理
   已开发票但未全额收款可能涉及税务风险，需分情况处理：

   • 增值税专用发票：若对方未支付对应款项，您可按《增值税暂行条例》规定开具红字发票冲销，避免多缴税款；
     
   • 普通发票：虽无强制冲红要求，但建议保留判决文书作为财务凭证，证明实际收款金额与发票金额的差异。

4. 预防性建议

   • 诉讼前：在起诉时明确诉求金额与证据的对应关系，避免“高开低判”风险；
     
   • 诉讼中：若对方已支付部分款项，可申请法院冻结剩余款项，防止执行困难；
     
   • 发票管理：未来交易中建议采用“分阶段开票”模式，根据实际履行情况开具发票，降低税务与诉讼风险。

示例场景：若您因买卖合同纠纷起诉要求支付货款10万元并开具全额发票，法院最终认定对方已支付3万元且剩余7万元中2万元因质量问题扣减，仅支持5万元。此时您需：

1. 执行阶段收取5万元；
   
2. 与对方协商退还已支付的3万元中未被支持的1万元（或通过另案解决质量争议）；
   
3. 向税务机关申请冲红对应1万元的增值税发票。
   

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我说明，我会结合证据与法律条款为您制定解决方案。