面对公司欠运费的情况，若协商不成，您可以通过以下合法途径来追讨运费：
发送催款函：
- 在协商无果后，您应正式向欠款公司发送催款函。催款函中需明确指出欠款的具体金额、欠款的原因以及催款的期限。这一步骤不仅起到威慑作用，还能为后续的法律诉讼提供有力的证据支持。
申请支付令：
- 如果欠款公司承认欠款但拒绝支付，且债权债务关系明确、合法，您可以向人民法院申请支付令。支付令是一种法律文书，要求欠款公司在规定的期限内支付欠款。若欠款公司在规定期限内未提出异议，支付令即生效，您可以通过法院强制执行来追讨欠款。
提起民事诉讼：
- 若协商、催款函及支付令均无法解决问题，您应向人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明欠款公司确实存在欠款行为，如运输合同、运单、签收单、对账单等。法院将依法进行审理，并作出判决。若您胜诉，可以申请强制执行欠款公司的财产，以追回欠款。
在追讨运费的过程中，您还需要注意以下几点：
- 保留证据：在整个追讨过程中，务必保留好所有与欠款相关的证据，如合同、运单、沟通记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥关键作用。
- 了解法律程序：在采取法律手段之前，建议您先了解相关的法律程序和规定，以便更好地维护自己的权益。例如，了解支付令的申请条件、民事诉讼的起诉条件等。
- 及时行动：一旦发现欠款公司存在拖欠行为，应尽快采取行动，避免欠款时间过长导致证据丢失或法律程序复杂化。
若您在追讨运费的过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。作为专注于公司事务、股权转让领域的专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。