当非机动车在交通事故中被认定为承担主要责任，且需要赔付机动车的修车费用时，赔偿的具体方式和流程可以归纳如下：
一、赔偿责任确认
首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，非机动车驾驶人若因违反交通规则导致交通事故并被认定为承担主要责任，那么非机动车方就需要承担相应的法律责任，这其中包括赔偿机动车因事故产生的修车费用。
二、赔偿方式与流程
非机动车方有赔付能力
- 直接支付：非机动车方可以直接将修车费用支付给机动车车主，这是最直接且高效的赔偿方式。
- 协商分期支付：如果非机动车方一次性支付修车费用有困难，双方可以协商一个分期支付的方案，以减轻非机动车方的经济压力。
非机动车方有赔付能力但不愿意赔付
- 向保险公司申请代位追偿（如果机动车投保了车损险等相关商业保险）：
- 机动车车主需要向保险公司报案，并提供事故详情及责任认定书。
- 保险公司会评估机动车的损坏情况，并确定修车费用。
- 机动车车主需要提交索赔所需材料，如责任认定书、定损单、维修发票等。
- 保险公司会先行支付修车费用，随后向非机动车方进行追偿。
- 通过法律途径解决：
- 机动车车主可以委托律师向非机动车方发送催款律师函，明确赔偿责任和金额。
- 如果非机动车方仍然不愿意赔付，机动车车主可以向人民法院提起诉讼，准备诉讼材料如责任认定书、维修发票等，向法院提起诉讼。法院审理后作出判决，非机动车方需按判决支付修车费用。如果非机动车方不履行判决，机动车车主可以申请强制执行。
非机动车方无赔付能力
- 在这种情况下，机动车车主可以尝试申请道路交通事故社会救助基金来垫付修车费用。具体申请条件和程序需要咨询当地的救助基金管理机构。
三、法律程序与建议
- 报警并等待交警处理：发生交通事故后，应立即报警并等待交警到场处理，交警会出具事故认定书，这是后续赔偿的重要依据。
- 协商赔偿：根据事故认定书，非机动车方应与机动车方协商修车费用的赔偿事宜。如果能够达成一致，可以签订书面赔偿协议以明确双方的权利和义务。
- 保留证据：在整个赔偿过程中，各方应妥善保管所有相关证据与单据，如交通事故认定书、修车费用清单和发票等，以便后续使用。
- 了解保险条款：如果机动车投保了车辆损失险等相关保险，机动车车主可以向自己的保险公司申请赔偿，保险公司会根据保险条款进行定损和赔付。
四、注意事项
- 机动车方在赔偿过程中应保持冷静和理性，依法维权，避免采取过激行为。
- 非机动车方应积极面对赔偿责任，尽量通过协商或法律途径解决纠纷，而不是逃避或拒绝赔付。
- 双方都应了解相关法律法规和保险条款，确保自身权益不受侵害。
综上所述，非机动车承担主要责任时赔付机动车修车费用的方式多样，机动车方应根据实际情况选择合适的方式维护自身权益。同时，双方都应遵守法律法规和保险条款，妥善处理交通事故赔偿事宜。