在男方出轨并与小三同居有了孩子的情况下，法院将依据相关法律法规，综合考虑出轨行为对婚姻关系的影响、财产状况、子女抚养需求以及是否存在重婚等违法行为，作出公正判决。无过错方有权请求损害赔偿，并在财产分割和子女抚养权上可能获得更多保护。以下从几个关键角度进行详细分析：

1. 财产分割

• 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十七条，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成时，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。这意味着，在财产分割时，法院会倾向于保护无过错方的利益，即妻子可能会分得更多财产。
• 特殊情形：若出轨方存在隐藏、转移、变卖、毁损、挥霍夫妻共同财产等行为，离婚时可少分或不分财产。同时，无过错方有权请求损害赔偿，赔偿数额需综合考虑多种因素，如出轨行为的严重性、对无过错方造成的精神损害程度等。

2. 损害赔偿

• 法定情形：根据《民法典》第一千零九十一条，丈夫婚内出轨并与小三生育孩子的行为可被认定为“有其他重大过错”，无过错方有权请求损害赔偿。这包括物质损害赔偿和精神损害赔偿。
• 赔偿范围：物质损害赔偿可能涉及因出轨行为导致的直接经济损失，如因处理出轨事件而产生的费用等。精神损害赔偿则是对无过错方因出轨行为所遭受的精神痛苦和心灵创伤的补偿，具体数额由法院根据实际情况裁定。

3. 子女抚养权

• 基本原则：法院判决子女抚养权时，以有利于子女身心健康、保障子女合法权益为出发点，结合父母双方的抚养能力和条件进行判定。这意味着，法院会综合考虑双方的经济状况、生活环境、教育背景等因素，以确定最适合抚养子女的一方。
• 特殊考虑：出轨方的行为若对孩子产生不良影响，如经常与小三联系影响孩子生活和心理稳定，法院可能更倾向于将抚养权判给另一方。此外，如果出轨方存在重婚等违法行为，也可能对抚养权的判决产生不利影响。

4. 重婚罪相关判断

• 构成要件：如果丈夫与小三以夫妻名义共同生活或对外宣称是夫妻关系，可能构成重婚罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百五十八条，有配偶而重婚的，处二年以下有期徒刑或者拘役。
• 证据要求：认定重婚罪需有充分证据，如周围邻居的证人证言、以夫妻身份签署的文件、租房合同等。如果证据不足，难以认定重婚罪，但出轨行为仍可能作为离婚诉讼中的过错因素予以考虑。

综合建议：面对婚内出轨且有孩子的复杂情况，我建议你首先保持冷静，收集并保存好相关证据，如出轨方的聊天记录、照片、视频等，以及财产状况、子女抚养情况等相关资料。然后，你可以寻求我的专业法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。我可以根据具体情况提供针对性的法律分析和建议，协助你在离婚诉讼中争取更有利的判决结果。同时，也建议你通过调解或协商等方式解决道德层面的问题，减少对家庭和社会的负面影响。