结论概述：双方约定了赔偿损失后，是否还需要退还款项，这主要取决于双方合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 在合同纠纷中，合同是双方行为的基本准则。如果合同中明确约定了在一方违约或造成损失时，除了赔偿损失外，还需要退还已收取的款项，那么双方应当按照合同约定执行。
   • 例如，若合同中规定：“若乙方违约，需向甲方赔偿因此造成的全部损失，并退还甲方已支付的所有款项。”在此情况下，乙方在违约后，不仅需要赔偿甲方的损失，还需要退还甲方已支付的所有款项。

2. 法律法规的补充作用：

   • 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么就需要参考相关法律法规的规定。在合同纠纷中，通常适用的是《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定。
   • 根据《民法典》的相关规定，如果一方违约给对方造成损失，应当承担赔偿责任。但是，对于是否需要退还款项，法律并没有明确规定，这主要取决于双方合同的具体内容和交易习惯。
   • 在某些特定情况下，如合同无效或被撤销，根据法律规定，因该合同取得的财产应当予以返还。但这并不直接等同于在约定赔偿损失后还需要退还款项，而是基于合同无效或被撤销的法律后果。

3. 实际履行与公平原则：

   • 在实际操作中，还需要考虑实际履行情况和公平原则。如果一方已经按照合同约定履行了部分或全部义务，而另一方仅因轻微违约就要求退还全部款项并赔偿损失，这可能显失公平。
   • 法院或仲裁机构在处理此类纠纷时，会综合考虑双方的实际履行情况、违约程度、损失大小以及公平原则等因素，来判定是否需要退还款项以及退还的金额。

4. 建议与注意事项：

   • 对于双方而言，在签订合同时应当尽可能明确约定违约责任和赔偿方式，包括是否需要退还款项以及退还的条件和金额等。
   • 在发生纠纷时，双方应当首先尝试通过协商解决。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
   • 在处理此类纠纷时，建议双方保留好相关证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等，以便在需要时提供证明。

总结与进一步思考：双方约定了赔偿损失后是否还需要退还款项，并没有一个固定的答案。它取决于合同中的具体约定、相关法律法规的规定以及实际履行情况和公平原则等因素。因此，在处理此类纠纷时，需要综合考虑各种因素来做出判断。如果你面临具体的合同纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。