面对公司欠运费且在起诉后仍然不支付的情况，您可以按照以下步骤来进一步维护自己的合法权益：

一、确认判决结果与执行申请

1. 确认判决：首先，确保您已经获得了法院的有利判决，判决中明确指出了公司应支付的运费金额及支付期限。

2. 申请执行：若公司在判决规定的支付期限内仍未履行支付义务，您应立即向法院申请强制执行。申请执行时，需提交执行申请书、生效判决书及被执行人的财产线索（如银行账户、房产、车辆等）。

二、执行过程中的措施

1. 财产查询与冻结：法院在受理执行申请后，会依法查询被执行人的财产状况，并可能对其财产进行冻结、划拨或查封、扣押、拍卖等措施，以强制其履行支付义务。

2. 限制高消费与列入失信名单：对于拒不履行生效判决的公司，法院还可以对其采取限制高消费措施，如限制乘坐飞机、高铁等，并将其列入失信被执行人名单，对其信用记录造成严重影响。

三、考虑其他救济手段

1. 行使留置权：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果托运人或收货人不支付运费，承运人对相应的运输货物享有留置权。在特定条件下，您可以考虑行使这一权利，以促使公司支付运费。但请注意，行使留置权需满足一定条件，且可能涉及复杂的法律程序，建议在专业律师的指导下进行。

2. 寻求法律援助或聘请律师：如果您觉得自己处理执行过程有困难，或者希望更有效地维护自己的权益，可以寻求法律援助或聘请专业律师代为处理。律师可以提供专业的法律意见，协助您制定执行策略，并代表您与法院、被执行人进行沟通。

四、持续跟进与沟通

1. 与法院保持联系：在执行过程中，与法院保持密切联系，及时了解执行进展和可能遇到的问题。法院可能会要求您提供额外的证据或信息，或者需要您配合进行某些执行措施。

2. 与公司沟通：尽管公司可能目前不愿支付运费，但持续与其保持沟通仍然是有益的。您可以尝试了解公司不愿支付的具体原因，看是否有协商解决的可能性。同时，向公司明确表达您维护自己权益的决心和法律手段的准备。

五、注意事项

• 在整个过程中，务必保留好所有与案件相关的证据和文件，如运输合同、运单、签收单、对账单、沟通记录等。这些证据将在执行过程中发挥重要作用。
• 遵守法律程序和规定，不要采取非法手段来追讨运费。非法手段不仅可能无法有效解决问题，还可能给您带来法律风险。

综上所述，面对公司欠运费且在起诉后仍然不支付的情况，您应通过申请强制执行、考虑其他救济手段、持续跟进与沟通等方式来维护自己的合法权益。同时，务必遵守法律程序和规定，确保自己的行为合法合规。