保险公司扣除垫付的丧葬费，通常需要经过对方签字同意。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：在保险理赔过程中，保险公司垫付的丧葬费属于预先支付的款项，通常会在最终的理赔结算中予以扣除。根据《中华人民共和国保险法》及相关法律法规，保险公司在进行任何款项的扣除时，应当遵循合法、合规的原则，并确保被保险人的权益不受侵害。因此，经过对方签字同意是确保这一过程合法性的重要步骤。

2. 合同约定：在保险合同中，通常会明确约定保险公司垫付费用及后续扣除的相关条款。这些条款通常会规定保险公司需要获得对方（如被保险人或受益人）的签字同意，才能扣除垫付的丧葬费。这是合同双方权利义务的明确体现，也是保护被保险人权益的重要措施。

3. 实际操作：在实际操作中，保险公司通常会要求对方签署相关的扣款确认书或理赔结算书，以明确垫付费用的扣除情况。这不仅是对被保险人权益的尊重，也是保险公司规范操作流程、避免纠纷的需要。

综上所述，保险公司扣除垫付的丧葬费，通常需要经过对方签字同意。这是确保理赔过程合法性、合规性，以及保护被保险人权益的重要步骤。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。