村委会在发现征地协议被代签后，应立即采取以下措施进行处理：
村委会首先需要核实征地协议上的签名是否确实为他人代签，并确认代签人的身份及代签权限。这可以通过比对村民笔迹、询问相关知情人员或调取相关证据（如授权委托书）等方式进行。若代签行为未经村民本人同意或授权，则构成无权代理，该协议对村民不产生法律效力。
村委会应积极与被代签的村民进行沟通，了解其对征地协议的态度和意见。若村民对代签行为不知情或不同意，村委会应尊重村民的意愿，不得强行推进征地工作。同时，村委会应向村民解释征地政策、补偿标准等相关事项，确保村民对征地事宜有充分的了解。
若代签行为确实存在且未经村民同意，村委会应依法采取措施撤销或变更该协议。具体来说，村委会可以与代签人协商解除协议，或者通过法律途径（如提起诉讼）请求法院确认协议无效。在撤销或变更协议的过程中，村委会应确保程序合法、透明，充分保障村民的合法权益。
村委会应反思代签事件发生的原因，加强内部管理，完善征地协议的签订程序。例如，可以建立严格的授权委托制度，要求村民在签订征地协议时必须亲自到场或提供有效的授权委托书；同时，加强对村委会成员的法律培训，提高其法律意识和风险防范能力。
若因代签事件引发法律纠纷，村委会应积极应对，配合相关部门的调查和处理工作。在纠纷处理过程中，村委会应坚持依法办事、公平公正的原则，维护村民的合法权益和社会稳定。
额外提醒：作为村民，若发现自己的征地协议被代签，也有权向村委会提出异议，并要求村委会采取相应措施进行处理。若村委会未积极履行职责或处理不当，村民还可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
建议：在处理征地代签问题时，村委会和村民都应保持冷静、理性，通过合法途径解决问题。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题，我会提供专业、详细的解答。