关于建设工程合法分包中补充协议约定收取管理费的效力问题，结论前置如下：
- 若分包行为合法且管理费约定合理，则补充协议中收取管理费的条款通常有效。
- 若分包行为违法或管理费约定显失公平，则该条款可能被认定为无效或可撤销。
详细分析如下：
一、合法分包情形下管理费约定的效力
在建设工程领域，合法分包是指总承包人将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位完成的行为。若分包行为本身合法，且补充协议中关于管理费的约定是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该条款通常会被认定为有效。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗等条件。
实践中的考量因素：
- 管理费的比例是否合理，是否反映了总承包人实际提供的管理服务价值。
- 双方是否在平等、自愿的基础上达成协议，是否存在欺诈、胁迫等情形。
二、违法分包情形下管理费约定的效力
若分包行为本身违法，如分包给不具备相应资质条件的单位、未经建设单位同意擅自分包等，那么补充协议中关于管理费的约定可能因分包行为的违法性而受到影响。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，违法分包的行为是无效的。若分包行为无效，那么基于该分包行为所签订的补充协议中的管理费条款也可能被认定为无效。
实践中的考量因素：
- 违法分包的具体情形和严重程度。
- 管理费条款是否与违法分包行为直接相关，是否作为违法分包的一部分被认定。
三、管理费约定显失公平的情形
即使分包行为合法，但如果补充协议中关于管理费的约定显失公平，如管理费比例过高，远超出了总承包人实际提供的管理服务价值，那么该条款可能被认定为可撤销。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
实践中的考量因素：
- 管理费比例与市场行情的对比情况。
- 总承包人实际提供的管理服务内容和价值。
- 双方在签订协议时的谈判地位和力量对比。
建议：
- 在签订建设工程分包补充协议时，应确保分包行为的合法性，并合理约定管理费的比例和支付方式。
- 若对管理费约定的效力存在疑虑，建议咨询专业律师进行法律审查，以避免潜在的法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。