违规占用小区绿地种菜，一般由小区的物业管理公司或业主委员会进行管理，若涉及违法行为，相关部门如城市管理综合执法部门或自然资源部门等也会介入处理。以下从不同角度为您详细分析：
一、物业管理公司或业主委员会的管理职责
依据小区管理规约：
- 小区的管理规约通常会对公共区域的使用做出明确规定，包括绿地的使用。如果管理规约中明确禁止占用绿地种菜，那么物业管理公司或业主委员会有权要求违规者停止占用，并恢复绿地原状。
日常巡查与制止：
- 物业管理公司作为小区的日常管理者，有责任对小区内的违规行为进行巡查和制止。一旦发现有人违规占用绿地种菜，物业管理公司应及时进行劝阻，并要求其限期整改。
组织协调与调解：
- 如果违规者不听劝阻，物业管理公司或业主委员会可以组织相关业主进行协调，尝试通过调解的方式解决问题。如果调解无果，可以考虑采取其他法律手段。
二、相关部门的介入处理
城市管理综合执法部门：
- 如果违规占用绿地种菜的行为违反了城市管理方面的法律法规，如《城市绿化条例》等，城市管理综合执法部门有权进行查处。他们可以对违规者进行罚款、责令限期改正等行政处罚。
自然资源部门：
- 在某些情况下，如果违规占用绿地种菜的行为涉及到了土地使用性质的改变或非法占用土地等问题，自然资源部门也会介入处理。他们会对违规行为进行调查，并根据相关法律法规进行处罚。
三、法律后果与维权建议
法律后果：
- 违规占用小区绿地种菜不仅可能面临物业管理公司或业主委员会的制止和要求恢复原状，还可能受到城市管理综合执法部门或自然资源部门的行政处罚。如果情节严重，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
维权建议：
- 如果您是小区的业主，发现有人违规占用绿地种菜，可以先向物业管理公司或业主委员会反映情况，要求他们进行处理。
- 如果物业管理公司或业主委员会未能及时处理或处理不当，您可以向相关部门进行投诉或举报，如城市管理综合执法部门或自然资源部门等。
- 在维权过程中，建议您保留好相关证据，如照片、视频等，以便在需要时提供证明。
总结来说，违规占用小区绿地种菜是一个涉及多方管理的问题。作为小区的业主，您有权维护小区的公共环境和秩序。如果遇到此类问题，建议您先与物业管理公司或业主委员会沟通，如果无法解决，再考虑向相关部门投诉或举报。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。