核心结论：在矿井下发生工伤，3个月后才报且证据已丢失的情况下，仍可通过多种途径收集证据、申请工伤认定，但过程可能较为复杂，需要积极采取行动。以下是具体分析和建议：

1. 关于工伤认定的时效问题

   • 根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害，所在单位应当自事故伤害发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
   • 如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。因此，虽然已经过了3个月，但只要在1年内，仍然可以申请工伤认定。

2. 关于证据丢失的问题

   • 证据是认定工伤的关键，但即使部分证据丢失，也并不意味着无法认定工伤。可以尝试通过以下途径收集或补充证据：
     • 寻找目击证人：联系当时在矿井下的同事或其他目击者，请他们出具书面证言，描述事故发生的经过和你的受伤情况。
     • 收集医疗记录：尽快前往医院，获取当时的就诊记录、诊断证明、病历等医疗文件。这些文件是证明你受伤情况和治疗过程的重要证据。
     • 调取工作记录：如果可能的话，向用人单位申请调取你的工作记录、考勤记录等，以证明你在事故发生时确实在矿井下工作。
     • 其他辅助证据：如事故现场的照片、视频（如果有的话）、安全监察部门的报告等，也可以作为辅助证据。

3. 申请工伤认定的流程

   • 在收集到一定证据后，应尽快向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。申请时需要提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）等材料。
   • 社会保险行政部门在收到申请后，会进行调查核实，并根据调查结果作出工伤认定决定。如果认定为你为工伤，你将享受相应的工伤保险待遇。

4. 如果用人单位不配合怎么办

   • 如果用人单位不配合你申请工伤认定，或者拒绝提供相关证据，你可以向劳动监察部门投诉，要求其责令用人单位配合。
   • 同时，你也可以考虑通过法律途径解决，如申请劳动仲裁或提起诉讼，以维护自己的合法权益。

行动建议：

• 立即开始收集和补充证据，尽可能找回或重建与工伤相关的证明材料。
• 尽快向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请，并提交相关材料。
• 如果遇到困难或用人单位不配合，及时向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。