结论：即使转账记录已超过三年，且双方已协商还款计划并正在还款，对方仍然有权起诉，但诉讼时效的问题可能会影响最终的胜诉权。以下是对此问题的详细分析：
一、起诉权与受理
无论转账记录的时间长短，只要该记录是真实、合法且与案件有直接关联，债权人都有权向法院提起诉讼。法院会依法受理这类案件，不会因为转账记录超过三年而拒绝受理。这是法律赋予公民的基本诉讼权利，因此，对方起诉在法律程序上是合理的。
二、诉讼时效与胜诉权
诉讼时效的定义：在我国，一般的民事诉讼时效期间为三年。这意味着，如果债权人在三年内未行使权利，债务人将获得诉讼时效抗辩权。
诉讼时效对胜诉权的影响：虽然超过诉讼时效不影响债权人的起诉权，但如果债务人以诉讼时效已过为由进行抗辩，且债权人无法证明存在诉讼时效中断、中止等法定情形，那么债权人可能会因此丧失胜诉权。即，即使案件被受理，债权人也可能无法赢得诉讼。
诉讼时效的中断：在你提到的情况中，双方已经协商了还款计划，并且债务人已经在还款。这一行为实际上构成了诉讼时效的中断。因为债权人在三年内通过协商还款计划的方式向债务人主张了权利，这使得诉讼时效重新计算。因此，从诉讼时效的角度来看，你的情况可能并不构成超过诉讼时效的问题。
三、实际建议
保留证据：尽管诉讼时效可能不是问题，但保留所有与转账、协商还款计划以及还款相关的证据仍然至关重要。这些证据将有助于你在诉讼中证明自己的主张。
积极应诉：如果对方确实提起了诉讼，你应该积极应诉，向法院提供所有相关证据，并阐述你的观点和理由。
寻求法律帮助：在处理此类法律纠纷时，寻求专业律师的帮助是非常重要的。我可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议，帮助你制定合适的诉讼策略。
总结来说，虽然对方在转账记录超过三年后仍然有权起诉，但由于双方已经协商了还款计划并且债务人已经在还款，这构成了诉讼时效的中断。因此，从诉讼时效的角度来看，你的情况可能并不构成问题。然而，为了确保自己的权益得到充分保护，我建议你保留所有相关证据，并在必要时寻求我的法律帮助。