若执行案件中申请执行人与被执行人协商后结清债务，可按以下步骤处理，确保程序合法且权益得到保障：

1. 签订书面和解协议
   双方应就债务金额、支付方式、履行期限等核心条款签订书面协议，明确约定“结清后案件终结”等条款。根据《民事诉讼法》第237条，若和解协议未履行，申请执行人可申请恢复原生效法律文书的执行（但需注意时效限制，通常为2年）。
   关键点：协议需双方签字盖章，避免口头约定；若涉及第三方担保或财产抵押，需同步办理相关手续。

2. 向法院提交结案申请
   若被执行人已全额履行债务，申请执行人应向执行法院提交《结案申请书》，附上转账记录、收条等履行证明。法院审核后将出具《结案通知书》，案件正式终结。
   风险提示：若未通过法院结案，即使债务已结清，案件仍可能显示为“执行中”，影响被执行人征信。

3. 处理执行费用与利息
   根据《诉讼费用交纳办法》第10条，执行申请费由被执行人承担。若双方协商由申请执行人承担部分费用，需在和解协议中明确约定。
   特殊情形：若债务包含迟延履行利息，双方可协商减免，但需在协议中注明“利息已结清”，避免后续争议。

4. 解除强制措施
   若被执行人财产被查封、冻结或被列入失信名单，结清后需立即向法院申请解除措施。法院应在3个工作日内完成解除，并同步更新征信记录。
   操作建议：提交申请时附上结案通知书、履行证明等材料，加快解除流程。

5. 保留证据以防纠纷
   即使案件已结清，仍建议保留和解协议、转账记录、沟通记录等证据至少3年。若被执行人反悔主张“未结清”，这些证据是维护权益的关键。
   典型案例：某案中双方口头约定结清，但未保留转账记录，后被执行人否认付款，法院因证据不足未支持申请执行人主张。

若您遇到以下具体情形，可进一步向我咨询：

• 被执行人部分履行后拒绝继续履行；
  
• 和解协议涉及以物抵债但未过户；
  
• 结清后发现被执行人转移财产逃避执行。
  

我是专注于民商事执行领域的律师，擅长处理债务清偿、财产查控、执行异议等纠纷，您可直接描述具体问题，我会结合实务经验为您详细解答。