克扣年休假工资确实受到时效限制。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、时效限制的基本规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果劳动者发现用人单位克扣了其年休假工资，应当在知道或应当知道这一事实之日起一年内申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
二、时效限制的具体应用
一般情况：
- 在大多数情况下，劳动者应当在发现用人单位克扣年休假工资后的一年内提出仲裁申请。如果超过这一时效期间，劳动者可能会丧失胜诉权，即即使其主张的事实和理由成立，也可能因为超过时效而无法获得法律支持。
特殊情况：
- 如果劳动者在劳动关系存续期间因用人单位拖欠或克扣年休假工资而提出仲裁申请，且该劳动关系在仲裁申请时尚未终止，那么仲裁时效期间从劳动关系终止之日起计算。这一规定为劳动者在劳动关系存续期间提供了更长的保护期限。
- 另外，如果因不可抗力或者有其他正当理由，如劳动者因病住院、出差在外等无法及时申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
三、法律建议
及时主张权利：
- 劳动者在发现用人单位克扣年休假工资后，应当及时与用人单位沟通协商，要求补发工资。如果协商无果，应当尽快向劳动仲裁机构申请仲裁，以避免超过时效期间。
保留证据：
- 劳动者在主张权利时，应当提供充分的证据证明用人单位克扣了其年休假工资。这些证据可以包括工资条、考勤记录、劳动合同等。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者对法律程序不熟悉或者担心自己的权益无法得到保障，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理仲裁或诉讼等服务，帮助劳动者维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
如果劳动者超过时效期间未申请仲裁或者未提供充分证据证明用人单位克扣了其年休假工资，可能会面临以下法律后果：
- 仲裁机构或法院可能不予受理或驳回劳动者的仲裁申请或诉讼请求。
- 劳动者可能无法获得应得的年休假工资补偿。
综上所述，克扣年休假工资确实受到时效限制。劳动者在发现用人单位克扣其年休假工资后，应当及时主张权利、保留证据并寻求法律帮助，以避免超过时效期间并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。