一般情况下，单位调查三代亲属时，通常不会直接调查当事人配偶的亲属。不过，具体是否会调查配偶的亲属，还需结合单位调查的具体目的、范围以及相关法律法规来综合判断。以下从几个角度进行详细分析：
单位调查的目的与范围：
- 单位进行三代亲属调查，往往是为了了解员工的家庭背景、社会关系等，可能涉及政治审查、安全审查或特定岗位的背景调查。
- 如果调查目的仅限于员工本人的直系亲属（如父母、子女、配偶），那么通常不会扩展到配偶的亲属。
- 但若调查范围较为宽泛，且明确包括配偶的亲属，或者调查目的涉及更广泛的社会关系网络，那么配偶的亲属就可能被纳入调查范围。
相关法律法规：
- 在我国，个人隐私受法律保护，单位在进行背景调查时，必须遵守相关法律法规，不得侵犯员工的隐私权。
- 如果单位调查配偶的亲属，且该调查行为超出了合理范围或侵犯了个人隐私，那么员工有权依法维护自己的权益。
实际操作中的考量：
- 即使单位有调查配偶亲属的意图，也需要考虑实际操作的可行性和成本。调查配偶的亲属可能涉及更多的时间和资源投入。
- 此外，如果调查行为引起员工或其配偶的不满，可能对单位与员工之间的关系产生负面影响。
建议：
- 如果您对单位即将进行的调查有疑虑或担忧，建议首先与单位沟通，了解调查的具体目的、范围和方式。
- 如果您认为调查行为可能侵犯您的隐私权或合法权益，可以咨询专业律师（比如我，王利云律师，专注于离婚、遗产继承领域，但也可就一般法律问题提供咨询），了解您的权利和可行的维权途径。
总之，单位调查三代亲属时是否会调查配偶的亲属，取决于多种因素。如果您对此有具体疑问或担忧，建议直接与单位沟通或寻求法律帮助。