三代旁系血亲的配偶关系能否在一个单位工作，需视具体情况及单位性质、职位关系而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、党政机关及参照公务员法管理单位
任职回避制度：
- 根据《党政领导干部选拔任用工作条例》及《公务员法》的相关规定，党政领导干部及公务员之间有夫妻关系、直系血亲关系、三代以内旁系血亲关系以及近姻亲关系的，不得在同一机关担任双方直接隶属于同一领导人员的职务或者有直接上下级领导关系的职务，也不得在其中一方担任领导职务的机关从事组织(人事)、纪检(监察)、审计、财务工作。
- 三代旁系血亲的配偶关系，属于近姻亲关系的一种，因此，在党政机关及参照公务员法管理单位中，若存在此类关系且职位符合上述回避情形，则需进行任职回避。
具体情形：
- 若双方在同一机关工作，且直接隶属于同一领导人员或有直接上下级领导关系，则需回避。
- 若一方担任领导职务，另一方在该机关从事组织(人事)、纪检(监察)、审计、财务工作，也需回避。
二、普通企事业单位
一般原则：
- 对于普通企事业单位，法律并未明确规定三代旁系血亲的配偶关系不能在同一单位工作。
- 企事业单位可根据自身情况制定内部规章制度，对员工之间的亲属关系进行管理，但需确保不违反法律法规的强制性规定。
实际操作：
- 若企事业单位未制定相关规章制度，或规章制度未明确禁止此类关系在同一单位工作，则三代旁系血亲的配偶关系可以在同一单位工作。
- 但需注意，若此类关系可能影响工作公正性或造成管理上的困扰，企事业单位可酌情进行岗位调整或采取其他管理措施。
三、特殊情况及建议
特殊情况：
- 若双方职位无直接隶属或上下级关系，且不涉及敏感岗位（如组织、人事、纪检、监察、审计、财务等），则三代旁系血亲的配偶关系在同一单位工作通常不会引发问题。
- 但需关注单位内部文化及员工关系，避免因亲属关系引发不必要的矛盾或误解。
建议：
- 在入职前，双方可主动向单位人力资源部门说明情况，了解单位对亲属关系的管理政策。
- 若单位有明确规定需回避，则应遵守规定，避免违反规章制度。
- 在工作中，双方应保持专业态度，避免因亲属关系影响工作公正性或团队氛围。
总结来看，三代旁系血亲的配偶关系能否在一个单位工作，需根据单位性质、职位关系及单位内部规章制度综合判断。在党政机关及参照公务员法管理单位中，若存在符合回避情形的职位关系，则需进行任职回避；在普通企事业单位中，则需根据单位实际情况及内部规章制度进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。