结论：高利贷非法经营中，已支付的利息未还本金是否会计入犯罪放贷金额，需根据具体情况判断，若利息超过法定上限且被认定为非法所得，则可能影响犯罪金额的认定；若未超过或未被认定非法，则一般不计入。以下从不同角度详细分析：
一、非法经营罪中“犯罪金额”的认定原则
根据《刑法》及相关司法解释，非法经营罪的犯罪金额通常指实际非法经营的数额，包括本金和非法所得（如利息、手续费等）。但需注意：
- 利息合法性：若利息未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍（法定上限），则属于合法收益，不计入犯罪金额；若超过，超出部分可能被认定为非法所得，需纳入犯罪金额。
- 本金性质：本金本身是借贷关系的核心，无论利息是否合法，本金通常会被计入非法经营的总额中，但需结合其他情节（如是否以营利为目的、是否扰乱市场秩序等）综合判断是否构成犯罪。
二、已支付利息未还本金的具体情形分析
利息合法，本金未还
- 若利息未超过法定上限，则利息属于合法收益，本金虽未还，但借贷关系仍成立。此时，本金可能被计入非法经营总额，但需结合其他证据（如放贷次数、规模、是否形成职业放贷等）判断是否构成犯罪。
- 示例：甲向乙出借10万元，约定年利率10%（未超LPR四倍），乙支付利息后未还本金。若甲长期从事此类放贷行为，可能因“情节严重”被认定为非法经营罪，本金10万元计入犯罪金额。
利息非法，本金未还
- 若利息超过法定上限，超出部分属于非法所得，可能被追缴或没收。此时，本金仍可能被计入非法经营总额，但非法利息部分会单独处理（如作为违法所得没收）。
- 示例：甲向乙出借10万元，约定年利率30%（超LPR四倍），乙支付部分利息后未还本金。若甲被认定非法经营，本金10万元计入犯罪金额，超出部分的利息作为违法所得处理。
利息已支付但被认定无效
- 根据《民法典》及民间借贷司法解释，超出法定上限的利息部分无效，借款人可要求返还或折抵本金。若借款人已支付非法利息，法院可能判决出借人返还或折抵，但不影响本金作为非法经营金额的认定。
- 示例：甲向乙出借10万元，约定年利率30%，乙支付2万元利息后未还本金。法院可能判决甲返还乙部分利息（如1万元），但本金10万元仍可能被计入非法经营犯罪金额。
三、法律建议
对出借人：
- 避免高利放贷，确保利息不超过法定上限，否则可能面临刑事处罚（非法经营罪）及民事责任（返还非法利息）。
- 若已涉及高利贷，建议立即停止违法行为，主动配合调查，争取从轻处理。
对借款人：
- 若已支付非法利息，可保留证据（如转账记录、借条等）向法院起诉要求返还或折抵本金。
- 若出借人涉嫌非法经营，可向公安机关报案，维护自身合法权益。
总结：高利贷非法经营中，已支付利息未还本金是否计入犯罪金额，需结合利息合法性、本金性质及具体情节综合判断。若您或他人涉及此类纠纷，建议直接向我咨询，我会根据具体案情提供详细法律分析。