集中支付代理银行资格认定不予行政许可决定书的理由应当具体且明确。以下从几个方面详细阐述：
一、理由的具体性要求
在作出不予行政许可决定时，行政机关必须明确说明不予许可的具体理由。这不仅是行政程序公正性的要求，也是保障申请人知情权、申诉权等合法权益的重要体现。具体理由应当包括但不限于：
不符合法定条件：如果申请人不符合集中支付代理银行资格认定的法定条件，如资本金不足、内部控制制度不健全、缺乏必要的专业人员等，行政机关应当详细列举这些不符合条件的具体事实，并说明这些事实如何导致申请人不符合认定标准。
提交材料不完整或虚假：如果申请人提交的材料不完整或存在虚假情况，行政机关应当指出哪些材料缺失或虚假，并说明这些材料对于资格认定的重要性。
存在违法违规行为：如果申请人在申请过程中存在违法违规行为，如行贿、欺诈等，行政机关应当明确指出这些行为，并说明这些行为如何影响了资格认定的公正性和合法性。
二、理由的陈述方式
在陈述不予行政许可的理由时，行政机关应当注意以下几点：
清晰明了：理由应当用简洁明了的语言表述，避免使用模糊、歧义或过于专业的术语，以确保申请人能够准确理解。
逻辑严谨：理由应当按照一定的逻辑顺序进行排列，如先列出不符合的法定条件，再说明提交材料的问题，最后指出违法违规行为等。这样有助于申请人更好地理解不予许可的原因。
证据充分：对于每一个不予许可的理由，行政机关都应当提供充分的证据支持。这些证据可以是书面材料、现场检查记录、专家意见等，以确保理由的充分性和可信度。
三、法律后果与申诉途径
在作出不予行政许可决定时，行政机关还应当告知申请人相关的法律后果和申诉途径。例如，可以说明申请人如果对不予许可决定不服，可以在法定期限内向上一级行政机关申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼等。
四、实际案例参考
假设某银行申请集中支付代理银行资格认定，但因其内部控制制度存在严重缺陷，导致资金安全存在重大风险。行政机关在审查过程中发现了这一问题，并决定不予许可。在作出不予许可决定时，行政机关应当明确说明：“经审查，你行内部控制制度存在严重缺陷，无法有效保障资金安全，不符合集中支付代理银行资格认定的法定条件。因此，本机关决定不予许可。”
总结与建议：集中支付代理银行资格认定不予行政许可决定书的理由必须具体且明确。行政机关在作出决定时，应当详细列举不符合法定条件的具体事实、提交材料的问题以及违法违规行为等，并提供充分的证据支持。同时，还应当告知申请人相关的法律后果和申诉途径。如果你在申请过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。