结论：保证金凭证丢失后，打印照片作为证据并由双方签字确认，在符合一定条件下可以作为有效证据使用，但需注意证据的完整性和法律效力可能受到的影响。以下从不同角度详细分析：

1. 证据形式与法律效力

• 照片作为证据的合法性：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，证据的形式包括书证、物证、视听资料、电子数据等。打印的照片属于视听资料或电子数据的范畴（如从电子设备中打印），只要能够清晰反映原始凭证的内容，且未经过篡改，可以作为证据使用。
• 双方签字确认的效力：双方签字确认的行为属于对证据内容的认可，相当于形成了“自认”的效力。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，一方当事人对于另一方当事人主张的于己不利的事实明确表示承认的，另一方当事人无需举证证明。因此，签字确认的照片在法律上具有较高的证明力。

2. 证据完整性与风险

• 原始凭证的优先性：虽然照片可以作为证据，但原始凭证（如原件）的证明力通常更强。如果对方对照片的真实性提出异议（如质疑照片是否经过篡改），可能需要通过其他证据（如银行流水、交易记录等）佐证照片的真实性。
• 签字确认的谨慎性：双方签字确认时，应明确签字的内容和目的（如“确认照片内容与原始凭证一致”），避免因表述模糊导致后续争议。例如，如果签字时仅写“已阅”，可能无法直接证明对照片内容的认可。

3. 实践建议

• 补充其他证据：为增强证据的证明力，建议补充其他相关证据，如交易记录、聊天记录、证人证言等，形成完整的证据链。
• 公证或见证：如果条件允许，可以对照片及签字确认的过程进行公证或邀请第三方见证，以进一步提高证据的法律效力。
• 书面协议：如果保证金涉及重要交易，建议在交易初期通过书面协议明确保证金的金额、支付方式、退还条件等，避免因凭证丢失导致纠纷。

4. 可能的法律后果

• 如果照片真实且签字确认有效：法院通常会采纳该证据，并据此认定保证金的相关事实。
• 如果照片被质疑或签字确认不明确：可能需要通过其他证据佐证，甚至承担举证不能的不利后果（如败诉）。

总结：保证金凭证丢失后，打印照片并由双方签字确认可以作为证据使用，但需注意证据的完整性和法律效力。为降低风险，建议补充其他证据或采取公证、见证等措施。如果有具体案件或进一步疑问，可以直接向我咨询。