结论：政府采购合同中约定金额为预估金额，据实结算后超出原预估金额的，处理方式需根据合同具体条款、双方协商情况以及相关法律法规来确定。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的约定
明确据实结算条款：
- 如果合同中明确约定了“据实结算”的条款，并且对于超出预估金额的部分有明确的处理方式（如按实际发生额支付、双方协商确定等），则应按照合同约定执行。
未明确超出部分处理方式：
- 若合同中仅约定了据实结算，但未对超出预估金额的部分如何处理作出明确规定，则双方应首先尝试通过友好协商来解决。协商时，可以考虑超出部分的合理性、市场价格变动情况、合同履行过程中的实际情况等因素。
二、双方协商情况
协商一致：
- 如果双方能够就超出预估金额的部分达成一致意见，无论是通过补充协议、会议纪要还是其他书面形式，都应确保该协议或纪要具有法律效力，并明确双方的权利和义务。
协商不成：
- 若双方无法就超出部分达成一致意见，则可能需要根据相关法律法规来寻求解决方案。此时，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等途径来解决争议。
三、相关法律法规的适用
《中华人民共和国政府采购法》：
- 该法规定了政府采购的基本原则、程序、合同管理等方面的内容。在处理政府采购合同纠纷时，应首先遵循该法的相关规定。
- 特别是关于合同变更、解除和终止的规定，以及争议解决的方式等，都可能对处理超出预估金额的问题提供指导。
《中华人民共和国民法典》合同编：
- 作为调整合同关系的基本法律，民法典合同编中的相关规定也适用于政府采购合同。
- 例如，关于合同履行、违约责任、合同解释等方面的规定，都可能对处理超出预估金额的问题产生影响。
四、实际操作建议
审查合同条款：
- 首先，应仔细审查政府采购合同的条款，特别是关于据实结算和超出预估金额处理的部分。
收集证据材料：
- 在协商或争议解决过程中，应收集并整理相关证据材料，如合同文本、履行过程中的往来函件、会议纪要、支付凭证等，以支持自己的主张。
寻求专业帮助：
- 如果双方无法自行解决争议，或者对法律法规的理解存在疑问，可以寻求专业律师或相关机构的帮助，以确保自己的权益得到妥善维护。
进一步思考：在处理政府采购合同中超出预估金额的问题时，除了考虑合同条款、双方协商和相关法律法规外，还应关注合同履行过程中的实际情况和市场价格变动情况等因素。这些因素都可能对最终的处理结果产生影响。因此，在处理此类问题时，应保持谨慎和客观的态度，综合考虑各种因素来做出决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。