在合同无效后，若土地归被告所有而房屋归原告所有，且被告需对房屋进行折价赔偿给原告的情况下，房屋的最终归属取决于双方的具体约定以及法律的规定和法院的判决。以下从不同角度进行详细分析：
双方约定优先：
- 如果双方在合同无效后的处理协议中明确约定了房屋的归属，比如约定房屋仍归原告所有，或者约定在被告支付折价赔偿后房屋归被告所有，那么应当遵循双方的约定。这是基于合同自由原则，即双方有权在法律允许的范围内自由约定合同的内容和后果。
法律规定的适用：
- 如果双方没有约定或者约定不明确，那么就需要依据相关法律规定来确定房屋的归属。在合同无效的情况下，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。对于房屋这种不动产，如果无法返还或者返还成本过高，通常会采取折价补偿的方式。
- 在此情况下，如果被告已经对房屋进行了折价赔偿给原告，且该赔偿金额合理反映了房屋的价值，那么从法律上讲，原告已经获得了房屋的经济价值，房屋的物理归属可能就不再是争议的重点。但具体归属仍需考虑房屋的实际占有、使用情况以及双方的实际需求等因素。
法院判决的影响：
- 如果双方无法就房屋的归属达成一致，那么最终可能需要通过法院诉讼来解决。法院在判决时会综合考虑多种因素，包括但不限于房屋的建造情况、双方对房屋的贡献、实际占有和使用情况、合同无效的原因和责任等。
- 法院可能会判决房屋归一方所有，并由该方对另一方进行相应的经济补偿；或者判决双方按份共有房屋；或者根据具体情况作出其他合理的判决。
建议：
- 在处理此类合同无效后的财产纠纷时，建议双方首先尝试通过协商达成一致意见，明确房屋的归属和补偿方式。
- 如果协商不成，可以寻求专业的法律帮助，通过法律途径解决争议。在诉讼过程中，要充分准备证据，如合同文本、支付凭证、房屋建造和维修记录等，以支持自己的主张。
- 无论采取哪种方式解决争议，都要确保处理过程合法合规，避免产生新的法律纠纷。
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