结论：若款项被认定为涉诈资金，确实存在被冻结并进入司法程序的可能性，但具体是否冻结及后续处理需结合款项性质、来源、金额及司法机关的调查情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、款项被冻结的法律依据与条件
法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十四条，公安机关在侦查犯罪过程中，对与案件有关的财物可以查封、扣押、冻结。若款项被认定为涉诈资金（如诈骗所得、赃款赃物等），司法机关有权依法冻结。
冻结条件
- 款项性质：需证明款项与诈骗犯罪直接相关（如诈骗所得、用于诈骗的工具资金等）。
- 证据充分性：司法机关需掌握初步证据（如转账记录、被害人陈述、嫌疑人供述等）证明款项涉诈。
- 程序合法性：冻结需由公安机关出具法律文书（如《冻结财产通知书》），并通知相关金融机构执行。
二、款项被冻结后的司法流程
侦查阶段
- 公安机关冻结款项后，会继续调查款项来源、用途及与犯罪的关联性。
- 若证据不足或款项与犯罪无关，公安机关应在法定期限内解除冻结（通常为30日，可延长）。
- 若证据充分，公安机关会将案件移送检察院审查起诉。
审查起诉与审判阶段
- 检察院审查后，若认为款项确属涉诈资金，会向法院提起公诉，并要求追缴或没收。
- 法院审理后，若认定款项为赃款，会依法判决追缴或没收，上缴国库；若款项与犯罪无关，会判决解除冻结并返还。
三、不同情况下的处理结果
款项确属涉诈资金
- 冻结与追缴：司法机关会依法冻结并追缴款项，用于返还被害人或上缴国库。
- 刑事责任：若款项涉及重大诈骗案件，相关人员可能面临刑事处罚（如诈骗罪）。
款项与诈骗无关
- 解除冻结：司法机关应在查明事实后及时解除冻结，并返还款项。
- 国家赔偿：若因司法机关错误冻结导致损失，当事人可依法申请国家赔偿。
款项性质存疑
- 继续调查：司法机关会进一步调查款项来源及用途，可能延长冻结期限。
- 证据要求：当事人需提供证据证明款项合法（如合同、发票、转账记录等），以推动解除冻结。
四、法律建议与风险提示
主动配合调查
若接到司法机关通知涉诈款项被冻结，应积极配合调查，提供相关证据证明款项合法性，避免因抗拒调查导致不利后果。
及时咨询律师
- 若对冻结程序或款项性质有疑问，应尽快咨询专业律师，了解权利义务及应对策略。
- 律师可协助与司法机关沟通，提交证据材料，推动解除冻结或争取有利处理结果。
保留证据材料
- 妥善保存与款项相关的所有证据（如合同、转账记录、沟通记录等），以备司法机关审查。
- 若款项涉及商业交易，可提供交易背景、目的及合法性证明，增强说服力。
关注冻结期限
- 根据《公安机关办理刑事案件程序规定》，冻结存款、汇款等财产的期限为6个月，每次续冻期限不得超过6个月。
- 若冻结期限届满未续冻，金融机构应自动解除冻结，当事人可及时查询并处理款项。
总结：涉诈款项是否被冻结并进入司法程序，需结合款项性质、证据充分性及司法机关的调查情况综合判断。若您或您的企业涉及此类问题，建议尽快咨询专业律师，制定应对策略，维护合法权益。